从Github安装时,包中缺少Collat​​e字段中的文件

时间:2013-02-06 11:48:05

标签: r build package

注意:我在这里交叉发布了这个问题:https://github.com/hadley/devtools/issues/245

更新:@hadley刚关闭了这个问题,因为他现在可以安装。我刚刚测试了它,install_github也适用于Windows。显然,我需要等待Github存档的一些时间来包含新提交的更改。对于遇到同样问题的人,@ hadley指出我在R /中有.R和.r文件,而DESCRIPTION collat​​e中的所有文件都有.r扩展名。

我正在写一个R包并把它放在Github上。我可以在自己的计算机上构建和加载。但是,运行install_github("KineticEval",username="zhenglei-gao")后,我收到以下错误:

* installing *source* package 'KineticEval' ...
** R
Error in .install_package_code_files(".", instdir) : 
files in 'Collate' field missing from 'C:/Users/z.gao/AppData/Local/Temp/RtmpUzWWYn    /R.INSTALLd3c17515a0/KineticEval/R':
  kingraph.r
  kinplot.r
  FOCUS2006A.r
  FOCUS2006B.r
  FOCUS2006C.r
  FOCUS2006D.r
  modFit1.r
  IRLSkinfit.full.r
  mkinfit.full.r
ERROR: unable to collate and parse R files for package 'KineticEval'
* removing 'C:/Users/z.gao/R-dev/KineticEval'

相关问题在这里:Files in Collate field missing from package after build from incorrect .Rbuildignore file

但我无法弄清楚错误是否也与我的.Rbuildignore文件有关。

4 个答案:

答案 0 :(得分:2)

对于遇到同样问题的人,Hadley(来自Github)指出我在R /中有.R和.r文件,而DESCRIPTION collat​​e中的所有文件都有.r扩展名。我使用roxygenize生成DESCRIPTION中的整理字段。

我所做的是删除本地存储库中R /中的所有文件并复制回来,将其推送到Github。仅在 Windows 下将.R重命名为.r不会更改远程存储库。然后错误再次发生,所以我在这里询问是否有更多我应该修复的东西。但过了一天,错误就消失了。

答案 1 :(得分:0)

我遇到了完全相同的问题。我的.Rbuildignore犯了一个愚蠢的错误。我遗失的文件名为OutputPlotGenerator.R,我的.Rbuildignore文件包含行output,因此删除/忽略了我的R文件。

答案 2 :(得分:0)

由于某种原因,我在描述中两次使用相同的名字。一个扩展名为.r,一个扩展名为.R。删除错误的一个即可解决问题。

答案 3 :(得分:0)

对我来说,我有一个新的.R文件,但没有添加到collate文件的DESCRIPTION字段中。

只需将其添加到该字段即可解决问题。

Hadley在here的几个地方谈论它。