python与.pdb文件

Question

我正在研究生物项目 我有.pdb（蛋白质数据库）文件，其中包含有关分子的信息。

我想在.pdb文件中找出以下分子：

1. 分子质量。
2. H键供体。
3. H键受体。
4. 的LogP。
5. 折射率。

python中是否有任何模块可以处理.pdb文件来查找？ 如果没有，那么任何人都可以让我知道我怎么能这样做？

我找到了一些模块，例如sequtils和protienparam，但他们没有这样做 我先研究然后发布，所以请不要投票 如果您仍然低估了为什么这样做，请发表评论。

提前致谢。

Answer 1

我不知道它是否符合您的需求，但Biopython看起来可能有所帮助。

Answer 2

pdb文件几乎可以包含任何内容。 很多项目都允许你解析它们。一些特定于生物学和pdb文件，其他不太具体，但这将允许你做更多（设置计算，测量距离，角度等）。

我认为你被投票了，因为这些项目很多：你不是唯一一个想要这样做的人，因此存在完全符合你需求的东西的机会非常高。

那就是说，如果你只想解析pdb文件以满足这个特定需求，那就自己动手吧：

• 使用文本编辑器打开文件。
• 确定相关数据的位置（关键字等）。
• 制作一个Python函数，打开文件并查找关键字。
• 从文件中提取数字。
• 完成。

这可以通过在不到10分钟内编写的简短脚本来完成（其他原因是为了进行downvoting）。

Answer 3

PDB文件还会输出XML文件PDBML，可以使用xml解析库轻松解析

http://pdbml.pdb.org/