Question

我要使用矢量simualted_results来获取“simulation”返回的值，它会根据迭代产生不同长度的矢量。

最初我有这个代码可以工作，但速度很慢：

simulated_results<-NULL
while(as.numeric(Sys.time())-start<duration){
  simulated_results <- cbind(simulated_results,simulation(J,4* (length(J)^2),0.0007,duration,start))

 }

但它很慢，所以我修改了它：

start<-as.numeric(Sys.time())
duration<-10
simulated_results<-NULL
simulated_results <- cbind(simulated_results,
                       replicate(n=10000,expr=(while(as.numeric(Sys.time())-start<duration)
                         {simulation(J,4*(length(J)^2),0.0007,duration,start)})))

现在使用新代码，我的问题是尽管一切都在运行，但我无法将模拟结果传递给simualted_results，而是simualted_results jsut采用NULL值的列向量我没有收到任何错误消息

我非常感谢任何帮助！

供参考，模拟代码为：

iter<-as.numeric(Sys.getenv("PBS_ARRAY_INDEX"))

if(iter <= 40){J<-1:500
}else if(iter <= 80){J<-1:1500
}else if(iter <= 120){J<-1:2500
}else if(iter <= 160){J<-1:5000}

set.seed(iter)
simulation <- function(J,gens,v=0.1,duration,start){

  species_richness <- function(J){
    a <- table(J)
    return(NROW(a))
  }

  start<-as.numeric(Sys.time())

  species_richness_output <- rep(NA,gens)
  for(rep in 1:gens){

    if (as.numeric(Sys.time())-start<duration){

      index1 <- sample(1:length(J),1)

      if(runif(1,0,1) < v){
        J[index1] <- (rep+100)
      } 
      else{
        index2 <- sample(1:length(J),1)
        while(index1==index2) {
          index2 <- sample(1:length(J),1)
        }
        J[index1] <- J[index2]
      }
      species_richness_output[rep] <- species_richness(J)} else break
  }

  species_abundance <- function(J){
    a <- table(J)
    return(a)
  }

  abuntable <- species_abundance(J)

  octaves <- function(abuntable)
  {
    oct<-rep(0,floor(log2(length(J))+1))

    for(i in 1:length(abuntable)){
      oct2 <- floor(log2(abuntable[i])+1)
      oct[oct2] <- oct[oct2]+1
    }

    return(oct)
  }   

  octaves(abuntable)
}

Answer 1

我同意@Nathan G，但有些事情引起了我的注意：你正试图cbind两件不能捆绑在一起的东西，因为它们有不同的尺寸。我们不知道您的simulation函数返回的数据类型是什么类型，但显然不是NULL。考虑一下：

df1 <- NULL
df2 <- data.frame(x = 1:10, y = 11:20)
cbind(df1, df2)
cbind(df2, df1)

两个cbind语句都会出错。你收到错误了吗？如果这是正在发生的事情，您应该将simulated_results初始化为NULL，而不是将函数simulation返回的空版本。

修改

iter = 10 set.seed(iter) J <- 1:1500 # critical to preallocate the list size for speed res <- vector("list", iter) for (i in 1: iter) { res[[i]] <- simulation(J,4* (length(J)^2),0.0007,duration = 10,start) } str(res) res[[1]]

现在我认为我没有像你最终想要的那样使用它，但也许这会让你足以达到你真正想要的东西。

函数不填充R中的空向量

1 个答案: