Question

我正在尝试使用Cython加快答案here。我尝试编译代码（执行cygwinccompiler.py hack解释here后），但得到fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminated错误。任何人都可以告诉我，如果这是我的代码的问题，或Cython的一些深奥的微妙？

以下是我的代码。提前致谢：

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

Answer 1

在setup.py中，Extension应该包含参数include_dirs=[numpy.get_include()]。

此外，您的代码中缺少np.import_array()。

-

示例setup.py：

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)

Answer 2

对于像您这样的单文件项目，另一种方法是使用pyximport。您不需要创建setup.py ...如果您使用IPython，则甚至不需要打开命令行......这一切都非常方便。在您的情况下，尝试在IPython或普通的Python脚本中运行这些命令：

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

您当然可能需要编辑编译器。这使得.pyx文件的导入和重新加载工作与.py文件的工作相同。

来源：http://wiki.cython.org/InstallingOnWindows

Answer 3

错误表示在编译期间未找到numpy头文件。

尝试执行export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/，然后进行编译。这是几个不同包的问题。 ArchLinux中存在针对同一问题提交的错误：https://bugs.archlinux.org/task/22326

Answer 4

简单回答

更简单的方法是添加文件distutils.cfg的路径。它的代表Windows 7的路径默认为C:\Python27\Lib\distutils\。您只需断言以下内容即可：

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

整个配置文件

为了举例说明配置文件的外观，我的整个文件是：

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

Answer 5

如果您懒得写设置文件并弄清楚包含目录的路径，尝试cyper。它可以编译您的Cython代码，并自动为Numpy设置include_dirs。

将代码加载到字符串中，然后简单地运行cymodule = cyper.inline(code_string)，即可立即以cymodule.sparsemaker的形式使用您的函数。像这样

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

您可以通过pip install cyper安装cyper。

Answer 6

它应该能够在here所述的String.prototype.formatUnicorn = String.prototype.formatUnicorn || function () { var e = this.toString(); if (!arguments.length) return e; var t = typeof arguments[0], n = "string" == t || "number" == t ? Array.prototype.slice.call(arguments) : arguments[0]; for (var i in n) e = e.replace(new RegExp("\\{" + i + "\\}", "gi"), n[i]); return e } /** Lets Assume your Code genGetLocations:{ data_url:'restaurants/{var1}/tables/{var2}, }**/ console.log('restaurants/{var1}/tables/{var2}'.formatUnicorn({'var1':'test1','var2':'test2'}))函数中执行此操作，但是由于存在一个known issue

，它不起作用

Answer 7

根据this answer，如果您在 Linux 上安装了 numpy 和 pip，则需要手动设置符号链接到 /usr/include/numpy

就我而言，路径是：

sudo ln -s /usr/local/lib/python3.8/dist-packages/numpy/core/include/numpy/ /usr/include/numpy

Cython：“致命错误：numpy / arrayobject.h：没有这样的文件或目录”

7 个答案:

简单回答

整个配置文件