在一个图中绘制多个箱图

Question

我将数据保存为包含12列的.csv文件。第2列到第11列（标记为F1, F2, ..., F11）为features。 Column one包含这些功能的label good或bad。

我想针对boxplot绘制label 所有这11项功能，但good或bad分开。到目前为止我的代码是：

qplot(Label, F1, data=testData, geom = "boxplot", fill=Label, 
          binwidth=0.5, main="Test") + xlab("Label") + ylab("Features")

但是，这只针对F1显示label。

我的问题是：如何在一个图表F2, F3, ..., F11中显示label一些dodge position？我已将这些特征标准化，因此它们在[0 1]范围内的比例相同。

可以找到测试数据here。我亲自动手解释问题（见下文）。

Answer 1

在绘制之前，您应该通过融化数据（请参阅下面有关熔化数据的样子）来获取特定格式的数据。否则，你所做的似乎没问题。

require(reshape2)
df <- read.csv("TestData.csv", header=T)
# melting by "Label". `melt is from the reshape2 package. 
# do ?melt to see what other things it can do (you will surely need it)
df.m <- melt(df, id.var = "Label")
> df.m # pasting some rows of the melted data.frame

#     Label variable      value
# 1    Good       F1 0.64778924
# 2    Good       F1 0.54608791
# 3    Good       F1 0.46134200
# 4    Good       F1 0.79421221
# 5    Good       F1 0.56919951
# 6    Good       F1 0.73568570
# 7    Good       F1 0.65094207
# 8    Good       F1 0.45749702
# 9    Good       F1 0.80861929
# 10   Good       F1 0.67310067
# 11   Good       F1 0.68781739
# 12   Good       F1 0.47009455
# 13   Good       F1 0.95859182
# 14   Good       F1 1.00000000
# 15   Good       F1 0.46908343
# 16    Bad       F1 0.57875528
# 17    Bad       F1 0.28938046
# 18    Bad       F1 0.68511766

require(ggplot2)
ggplot(data = df.m, aes(x=variable, y=value)) + geom_boxplot(aes(fill=Label))

编辑：我意识到你可能需要分面。这也是一个实现：

p <- ggplot(data = df.m, aes(x=variable, y=value)) + 
             geom_boxplot(aes(fill=Label))
p + facet_wrap( ~ variable, scales="free")

修改2 ：如何添加x-labels，y-labels，title，更改legend heading，添加jitter？< / p>

p <- ggplot(data = df.m, aes(x=variable, y=value)) 
p <- p + geom_boxplot(aes(fill=Label))
p <- p + geom_jitter()
p <- p + facet_wrap( ~ variable, scales="free")
p <- p + xlab("x-axis") + ylab("y-axis") + ggtitle("Title")
p <- p + guides(fill=guide_legend(title="Legend_Title"))
p 

编辑3 ：如何将geom_point()点与箱形图的中心对齐？可以使用position_dodge完成。这应该有用。

require(ggplot2)
p <- ggplot(data = df.m, aes(x=variable, y=value)) 
p <- p + geom_boxplot(aes(fill = Label))
# if you want color for points replace group with colour=Label
p <- p + geom_point(aes(y=value, group=Label), position = position_dodge(width=0.75))
p <- p + facet_wrap( ~ variable, scales="free")
p <- p + xlab("x-axis") + ylab("y-axis") + ggtitle("Title")
p <- p + guides(fill=guide_legend(title="Legend_Title"))
p 

Answer 2

由于你没有提到一个情节包，我在这里建议使用Lattice版本（我认为ggplot2答案比格子更多，至少因为我在这里）。

 ## reshaping the data( similar to the other answer)
 library(reshape2)
 dat.m <- melt(TestData,id.vars='Label')
 library(lattice)
 bwplot(value~Label |variable,    ## see the powerful conditional formula 
        data=dat.m,
        between=list(y=1),
        main="Bad or Good")

Answer 3

ggplot版格子图：

library(reshape2)
library(ggplot2)
df <- read.csv("TestData.csv", header=T)
df.m <- melt(df, id.var = "Label")

ggplot(data = df.m, aes(x=Label, y=value)) + 
         geom_boxplot() + facet_wrap(~variable,ncol = 4)

<强>简介：

Answer 4

使用基本图形，我们可以使用at =控制框位置，并结合boxwex =框的宽度。第一个boxplot语句创建一个空白图。然后在以下两个语句中添加2个跟踪。

请注意，在下文中，我们使用df[,-1]从要绘制的值中排除第一（id）列。对于不同的数据框，可能需要将此更改为子集，以包含要包含要绘制的数据的列。

df <- data.frame(id = c(rep("Good",200), rep("Bad", 200)),
                               F1 = c(rnorm(200,10,2), rnorm(200,8,1)),
                               F2 = c(rnorm(200,7,1),  rnorm(200,6,1)),
                               F3 = c(rnorm(200,6,2),  rnorm(200,9,3)),
                               F4 = c(rnorm(200,12,3), rnorm(200,8,2)))

boxplot(df[,-1], xlim = c(0.5, ncol(df[,-1])+0.5), 
        boxfill=rgb(1, 1, 1, alpha=1), border=rgb(1, 1, 1, alpha=1)) #invisible boxes
boxplot(df[which(df$id=="Good"), -1], xaxt = "n", add = TRUE, boxfill="red", boxwex=0.25, 
        at = 1:ncol(df[,-1]) - 0.15) #shift these left by -0.15
boxplot(df[which(df$id=="Bad"), -1], xaxt = "n", add = TRUE, boxfill="blue", boxwex=0.25,
        at = 1:ncol(df[,-1]) + 0.15) #shift these right by +0.15

Answer 5

我知道这是一个较旧的问题，但它也是我所拥有的问题，虽然接受的答案有效，但有一种方法可以做类似的事情没有使用额外的包ggplot或格子。箱形图重叠而不是并排展示并不是很好，但是：

boxplot(data1[,1:4])
boxplot(data2[,1:4],add=TRUE,border="red")

这将放入两组箱图，第二组的轮廓（无填充）为红色，并且还将异常值设为红色。好消息是，它适用于两个不同的数据帧而不是尝试重塑它们。快速而肮脏的方式。

Answer 6

在基数R中，可以使用具有交互作用（:）的公式界面来实现这一目标。

df <- read.csv("~/Desktop/TestData.csv")
df <- data.frame(stack(df[,-1]), Label=df$Label) # reshape to long format

boxplot(values ~ Label:ind, data=df, col=c("red", "limegreen"), las=2)