在一个图中的两个随机效应的Dotplot

Question

如果我制作一个带有两个随机效果的简单混合效果模型：

library(lme4)
(fm3 <- lmer(strength ~ 1 + (1 | batch) + (1 | sample), Pastes))

我可以像这样访问随机效果：

ranef(fm3)
ranef(fm3)$batch
ranef(fm3)$sample

我无法将随机效果绘制在彼此相邻的两个单独的点图中。 下面的代码确实绘制了两个图，但我没有管理重新编码，以便我可以分别绘制每个图：

dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))

以下似乎对我来说是合乎逻辑的，但它不正确

dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE)$batch)

感谢所有帮助，

Answer 1

以下代码可以解决问题：

print((dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))$sample), position=c(0, .5, 1, 1), more=TRUE)
print((dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))$batch), position=c(0, 0, 1, .5)

它来自于认识到可以通过以下方式绘制两个rando效果之一的预测区间：

(dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))$sample)

和

(dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE))$batch)

我上面提出的建议是错误的（dotplot(ranef(fm3, postVar=TRUE)$batch)，即使它确实产生了某些东西）。 @juba：谢谢你把我指向格子。我找到的用于组合图的解决方案更简洁......

Answer 2

您遇到的问题是ranef()将分析结果存储为列表，而不是数据框。您正在尝试访问此列表，因为您将访问数据框，这就是它无法工作的原因。诀窍是使用带有dotplot的双方括号来访问列表。然后，您可以使用grid.arrange快速组合您的图表（或者您可以使用@juba解决方案）。

library(lme4)
fm3 <- lmer(strength ~ 1 + (1 | batch) + (1 | sample), Pastes)
d1 <- ranef(fm3, postVar=TRUE)
#double square bracket access the lists in d1
a <- dotplot(d1)[["batch"]]
b <- dotplot(d1)[["sample"]]
#grid.arrange combines your plots
library(gridExtra)
grid.arrange(a,b, nrow=1) 

Answer 3

由于dotplot是lattice包的一部分，您必须使用grid.layout和viewports来在一个图表上显示多个图表。

这是一种并排显示两个点图的方法，但由于我对lattice很陌生，所以肯定会有更好更清洁的方法：

grid.newpage()
pushViewport(viewport(0.25,0.5,.5,1))
print(dotplot(rnorm(100)),newpage=FALSE)
upViewport()
pushViewport(viewport(.75,.5,.5,1))
print(dotplot(runif(100)),newpage=FALSE)

给出了：