Question

我的数据集有另一个问题。基本上，存在具有相关特征的基因列表，包括位置麻木（第3列和第4列）和链取向（+或 - ）。我试图用位置进行计算，使它们相对于每个基因的起始密码子TYPE（第二列）而不是整个基因组（现在如此）。问题是，计算仅在+ STRAND序列上执行， - STRAND序列未在输出中显示。下面是数据集的示例，我的代码，输出以及我尝试过的内容。

这是数据集：

    GENE_ID TYPE    POS1    POS2    STRAND
PITG_00002  start_codon 10520   10522   -
PITG_00002  stop_codon  10097   10099   -
PITG_00002  exon    10474   10522   -
PITG_00002  CDS 10474   10522   -
PITG_00002  exon    10171   10433   -
PITG_00002  CDS 10171   10433   -
PITG_00002  exon    10097   10114   -
PITG_00002  CDS 10100   10114   -
PITG_00003  start_codon 38775   38777   +
PITG_00003  stop_codon  39069   39071   +
PITG_00003  exon    38775   39071   +
PITG_00003  CDS 38775   39068   +

以下是代码：

import numpy
import pandas
import pandas as pd
import sys

sys.stdout = open("outtry2.txt", "w")
data = pd.read_csv('pinfestans-edited2.csv', sep='\t')
groups = data.groupby(['STRAND', 'GENE_ID'])

corrected = []

for (direction, gene_name), group in groups:
    ##print direction,gene_name
    if group.index[group.TYPE=='start_codon']:
        start_exon = group.index[group.TYPE=='exon'][0]
    if direction == '+':
        group['POSA'] = 1 + abs(group.POS1 - group.POS1[start_exon])
        group['POSB'] = 1 + abs(group.POS2 - group.POS1[start_exon])
    else:
        group['POSA'] = 1 - abs(group.POS2 - group.POS2[start_exon])
        group['POSB'] = 1 - abs(group.POS1 - group.POS2[start_exon])
    ##print group
    corrected.append(group)

以下是输出示例：

     + PITG_00003
    GENE_ID     TYPE         POS1   POS2   STRAND  POSA  POSB
8   PITG_00003  start_codon  38775  38777  +       1     3   
9   PITG_00003  stop_codon   39069  39071  +       295   297 
10  PITG_00003  exon         38775  39071  +       1     297 
11  PITG_00003  CDS          38775  39068  +       1     294

以前我收到了一个数组值错误（Tab delimited dataset ValueError truth of array with more than one element is ambiguous error）但是已经处理好了。接下来我尝试只做这个部分：

import numpy
import pandas
import pandas as pd
import sys

##sys.stdout = open("outtry2.txt", "w")
data = pd.read_csv('pinfestans-edited2.csv', sep='\t')#,
              #converters={'STRAND': lambda s: s[0]})
groups = data.groupby(['STRAND', 'GENE_ID'])

corrected = []

for (direction, gene_name), group in groups:
    print direction,gene_name

输出打印出所有GENE_ID及其STRAND符号（+或 - ），它为+和 - 序列都做了。因此，在STRAND列中没有选择任何序列。

所以我尝试将其添加到原始代码中：

if direction == '+':
    group['POSA'] = 1 + abs(group.POS1 - group.POS1[start_exon])
    group['POSB'] = 1 + abs(group.POS2 - group.POS1[start_exon])
elif direction == '-':
    group['POSA'] = 1 - abs(group.POS2 - group.POS2[start_exon])
    group['POSB'] = 1 - abs(group.POS1 - group.POS2[start_exon])
else:
    break
print group
# put into the result array
corrected.append(group)

这是输出的结尾，它打印了第一个 - 然后在结束之前冻结了一段时间：

+
        GENE_ID     TYPE         POS1    POS2    STRAND  POSA  POSB
134991  PITG_23350  start_codon  161694  161696  +       516   518 
134992  PITG_23350  stop_codon   162135  162137  +       957   959 
134993  PITG_23350  exon         161179  162484  +       1     1306
134994  PITG_23350  CDS          161694  162134  +       516   956 
-

Answer 1

这些线条对我来说似乎很奇怪：

if group.index[group.TYPE=='start_codon']:
    start_exon = group.index[group.TYPE=='exon'][0]

首先，我猜测，只是试图检查该组是否有起始密码子标记。但由于两个原因，这没有意义。

（1）如果只有一个start_codon条目而且它是第一个，那么条件实际上是假的！

In [8]: group.TYPE == 'start_codon'
Out[8]: 
0     True
1    False
2    False
3    False
4    False
5    False
6    False
7    False
Name: TYPE

In [9]: group.index[group.TYPE == 'start_codon']
Out[9]: Int64Index([0], dtype=int64)

In [10]: bool(group.index[group.TYPE == 'start_codon'])
Out[10]: False

也许您想要any(group.TYPE == 'start_codon')，(group.TYPE == 'start_codon').any()或sum(group.TYPE == 'start_codon') == 1或其他什么？但这也不对，因为

（2）您的代码仅在设置start_exon时有效。如果不是，那么它要么给NameError，要么退回上次发生的任何价值，而且你无法保证它将是一个合理的顺序。

如果我只是单独使用start_exon = group.index[group.TYPE=='exon'][0]，那么我得到

In [28]: for c in corrected:
   ....:     print c
   ....:     
       GENE_ID         TYPE   POS1   POS2 STRAND  POSA  POSB
8   PITG_00003  start_codon  38775  38777      +     1     3
9   PITG_00003   stop_codon  39069  39071      +   295   297
10  PITG_00003         exon  38775  39071      +     1   297
11  PITG_00003          CDS  38775  39068      +     1   294
      GENE_ID         TYPE   POS1   POS2 STRAND  POSA  POSB
0  PITG_00002  start_codon  10520  10522      -     1    -1
1  PITG_00002   stop_codon  10097  10099      -  -422  -424
2  PITG_00002         exon  10474  10522      -     1   -47
3  PITG_00002          CDS  10474  10522      -     1   -47
4  PITG_00002         exon  10171  10433      -   -88  -350
5  PITG_00002          CDS  10171  10433      -   -88  -350
6  PITG_00002         exon  10097  10114      -  -407  -424
7  PITG_00002          CDS  10100  10114      -  -407  -421

我不知道这些值是否有意义，但它似乎没有跳过任何东西。

用于循环跳过大部分数据集

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