如何使用Git组织一系列科学实验

Question

我正在模型上运行实验，其工作流程如下：

• 我在一个模型（Python中的软件）中工作
• 我更改了一些参数并运行了一个实验
• 然后，我将存储实验结果（作为泡菜）。
• 然后，我将使用另一个软件（IPython笔记本）分析（酸洗）结果。

我正在使用Git and Scientific Reproducibility作为指南，其中实验结果沿着提交的哈希存储在表中。我想将结果存储在目录中，将目录命名为哈希。

考虑版本控制，我想隔离code和analysis。例如，analysis中IPython笔记本中的绘图中颜色的更改不应更改code

中的任何内容

我在想的方法：

像这样的目录结构：

model
- code
- simulation_results
   - a83bc4
   - 23e900
   - etc 
- analysis

以及code和analysis的不同Git存储库，将simulation_results从Git中删除。

有何评论？更好的解决方案？感谢。

Answer 1

这似乎很合理，您的结构非常适合使用 git submodules ，model成为父级git repo。

这样，您就会在code个回购链接中将analysis和model SHA1链接在一起。

这意味着您可以根据model/simulation_results repo的SHA1（＆＃34; parent＆＃34; repo）在私有（即非版本化）目录model内创建目录：SHA1链接project和analysis子模块的SHA1，这意味着您可以完全重现实验（基于project和{{1}的确切内容}}）。