Question

我已经定义了一个自定义函数，如下所示：

my.fun = function() {

      for (i in 1:1000) {
      ...
        for (j in 1:20) {
          ...
        }
      }

 return(output)

}

返回输出矩阵output，由1000行和20列组成。

我需要做的是重复该功能5次，并将5个output结果存储到一个全新的矩阵中，比如说final，但是而不使用另一个for循环（这是为了使代码更清晰，也是因为在第二时刻我想尝试并行化这些额外的5次重复）。

因此final应该是一个包含5000行和20列的矩阵（这5次重复的基本原理是在我使用的两个for循环中，其中包括sample）。

我尝试使用final <- replicate(5, my.fun())，这正确地计算了五个复制品，但后来我必须“手动”将这些元素放入一个全新的5000 x 20矩阵中......是否有一种更为优雅的方式？（也许使用sapply()？）。非常感谢

Answer 1

现在你可能有一个三维数组。如果你想要一个列表，你会添加simplify = FALSE。试试这个：

do.call( rbind, replicate(5, my.fun(), simplify=FALSE ) )

或者，在“final”仍然是数组的情况下，您可以使用aperm：

fun <- function() matrix(1:10, 2,5)
final <- replicate( 2, fun() )
> final
, , 1

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    3    5    7    9
[2,]    2    4    6    8   10

, , 2

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    3    5    7    9
[2,]    2    4    6    8   10

> t( matrix(aperm(final, c(2,1,3)), 5,4) )
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    3    5    7    9
[2,]    2    4    6    8   10
[3,]    1    3    5    7    9
[4,]    2    4    6    8   10

可能有更经济的矩阵运算。我还没有发现一个。

Answer 2

如果您使用replicate包中的plyr替换do.call，则可以rbind使用library(plyr) do.call(rbind, rlply(5, my.fun()))：

plyr

如果您不想依赖do.call(rbind, lapply(1:5, function(i) my.fun()))包，则可以随时执行：

{{1}}

Answer 3

取决于您用于并行计算的程序包，但这是我将如何操作（使用sapply将其隐藏在循环中，就像replicate）。

library(snowfall)
sfInit(parallel = TRUE, cpus = 4, type = "SOCK")
# sfExport() #export appropriate objects that will be needed inside a function, if applicable
# sfLibrary() #call to any special library
out <- sfSapply(1:5, fun = my.fun, simplify = FALSE)
sfStop()

Answer 4

试试这个：

final <- replicate(5, my.fun(), simplify = "matrix")

您将获得最终结果＆＃39;以矩阵的形式。

使用replicate（）或sapply（）重复用户定义的函数

4 个答案: