Question

我正在尝试安装一个程序（vcftools），Makefile的内容如下：

# Make file for vcftools
# Author: Adam Auton
# ($Revision: 230 $)

# Compiler
CPP = g++
# Output executable
EXECUTABLE = vcftools
# Flag used to turn on compilation of PCA routines
ifndef VCFTOOLS_PCA
        VCFTOOLS_PCA = 0
endif
# Compiler flags
CPPFLAGS = -O2 -Wall -Wextra -D_FILE_OFFSET_BITS=64
#CPPFLAGS = -g 
# Included libraries (zlib)
#LIB = -lz 
LIB = -lz -I/usr/local/include/ -L/usr/local/lib/


OBJS = vcftools.o vcf_file.o vcf_entry.o \
                vcf_entry_getters.o vcf_entry_setters.o \
                vcf_file_filters.o vcf_file_output.o \
                vcf_file_format_convert.o \
                vcf_file_diff.o parameters.o \
                vcf_file_index.o \
                output_log.o

我无法让这个Makefile正常运行，而是出现一个错误：

vcf_file.cpp:(.text+0xe72): undefined reference to `gzbuffer'
collect2: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [vcftools] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/Public/Packages/vcftools_0.1.10/cpp'
/bin/sh: 2: cd: can't cd to perl
make: *** [install] Error 2

我认为部分问题是我的zlib安装路径存在错误。我试图改变-I和-L路径以匹配我的zlib安装，但没有任何运气（有很多文件夹似乎包含zlib文件）。

此外，通过搜索与此程序相关的其他论坛（here），似乎我可能需要zlib1g-dev。 zlib1g-dev在我的电脑上（它显示在我的ubuntu软件中心），但在我输入时没有出现：

root@root:/home/Public/Packages/vcftools_0.1.10/cpp# whereis zlib1g-dev
zlib1g-dev:
root@root:/home/Public/Packages/vcftools_0.1.10/cpp# which zlib1g-dev

我考虑过删除并重新安装zlib，但看起来好像有几个程序依赖它。尝试运行安装或删除时，我收到以下消息：

sudo apt-get install zlib-devel

Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
E: Unable to locate package zlib-devel

我不确定问题出在我的计算机上安装zlib的位置，安装中的错误，还是其他完全超出我头脑的问题。任何建议将不胜感激。谢谢。

Answer 1

在我的系统（Ubuntu 12.04.3 LTS）上，这是一个lib位置问题确保已安装zlib1g-dev 在vcftools_whatever / cpp / Makefile中，更改

LIB = -lz

到

LIB = -L/usr/local/lib/ -lz

Answer 2

该区域的obuntu中存在一个错误，在声明库路径后，必须出现特定库的声明。

在您的makefile中，-lz只能在 -L/usr/local/lib/之后放置

我建议将LIB声明更改为下面的声明 - 这应该可以解决问题

LIB = -I/usr/local/include/ -L/usr/local/lib/ -lz

Answer 3

我通过搜索对gzbuffer var的未定义引用发现了这一点。从CentOS-6.6 Linux盒上的源代码编译ImageMagick时出错。我必须做两件事：1）根据建议。 Ubuntu，由travc编写，您编辑Makefile，查找“ LIBS =”（在我的情况下为空白），并将其更改为“ LIBS = -L / usr / local / lib -lz”。那给了我干净的编译。跑“ make install”安装东西，但在运行时失败。 2）解决方法是将CD刻录到/ usr / local / lib，然后从命令行运行“ ldconfig”。 “ ldconfig”更新动态链接程序运行时绑定（有关详细信息，请阅读“ man”页面。）您可以通过在X-windows的命令行中运行“ display”来确认ImageMagick已正确安装。（如果安装了ImageMagick以便“显示”程序可以工作，Python及其各种图形/图像生成工具将自动使用它，从而允许渲染和检查超出屏幕尺寸的复杂图像。）

Answer 4

我想你错过了开发包。并非您尝试过的那样称为zlib-devel，

sudo apt-get install zlib-devel

但是zlib1g-dev。因此，您要运行的命令是：

sudo apt-get install zlib1g-dev

Answer 5

这对我有用，将其放在我的Makefile中：

顺便说一句，我花了10分钟使它无法正常工作，因为我在这一行的末尾放弃了lib，只是有了根路径。

LIBS = -L / tools / hpclib / zlib-1.2.8 / lib -lz -lgomp（有效）

LIBS = -L / tools / hpclib / zlib-1.2.8 -lz -lgomp（无效）

希望可以帮助某人。这是为了编译一个名为stacks 2.41的程序

Answer 6

对于vcftools不得不修改，配置后：

生成文件
src/Makefile
src/cpp/Makefile

在每个中，转到 LIBS 并输入：

LIBS = -L/tools/hpclib/zlib-1.2.8/lib -lz -lgomp

这是在centos上，zlib编译在上面的特定位置。

Linux Makefile：对'gzbuffer'的未定义引用（其中LIB = -lz）

6 个答案: