Question

我有一份清单清单。每个子列表中的第一个元素是染色体，例如'chr1'，'chr5'，'chr10'，'chrX'和'chrY'。我想按染色体编号排序子列表，然后按X和Y排序。我尝试了以下内容。

List.sort(key=lambda x: Set_Chr_Nr_(x[0]))

我正在使用以下def，它接受染色体字符串，删除'chr'，如果它是一个数字，则将余数转换为int，如果是'X'或'Y'，则分配一个数字。

def Set_Chr_Nr_ (Chr):
    """ Sort by chromosome """
    if Chr: 
        New = Chr[3:]
        if New == 'X': New = 23
        elif New == 'Y': New = 24
        elif New == 'M': New = 25
        else: New = int(New)
    else:
        New = 0
    return New

但它不会返回所需的排序顺序。相反，我得到一个列表，该列表以包含'chr1'的子列表开头，但放下包含'chr10'的子列表，而不是'chr2'。我在这里做错了什么？

包含列标题的示例数据：

Type    OriginChr   OriginBegin OriginEnd   DestChr DestBegin   DestEnd

inversion   chr10   13105010    13105143    chr10   13104876    13105378

inversion   chr14   87902496    87902539    chr14   87902497    87902540

瑞克

Answer 1

你可以尝试，

a = ['chr1', 'chr10', 'chr5', 'chrX']
sorted(a, key=lambda x: Set_Chr_Nr_(x))
print a

如果要使用list.sort（），可以切换到

a.sort(lambda x,y: x-y, key=lambda x: Set_Chr_Nr_(x))

对于原始输入，如果列已修复，则可以使用

a = [['inversion', 'chr14', 87902496, 87902539, 'chr14', 87902497, 87902540], ['inversion', 'chr10', 13105010, 13105143, 'chr10', 13104876, 13105378]]
sorted(a, key=lambda x: Set_Chr_Nr_(x[1]))
print a

使用子列表的元素的一部分对列表列表进行排序

1 个答案: