如何使用R绘制具有组间相似性的标签？

Question

当我在R中使用命令hclust绘制树形图时，我将y轴标记为高度。但是，我想用我的数据集中的组之间的相似性水平标记此轴，如下图所示。我怎样才能做到这一点？

这是一个最小的例子：

set.seed(1)
x = matrix(rnorm(1000), ncol=100)
d = dist(x, method="euclidean")
plot(hclust(d, method="complete"))

Answer 1

从您的示例开始，但将群集结果保存为hc：

set.seed(1)
x <- matrix(rnorm(1000), ncol=100)
d <- dist(x, method="euclidean")
hc <- hclust(d, method="complete")

hc$height
[1] 12.79157 13.05586 13.51490 13.54069 14.32658 14.45824 15.70899 16.44131
[9] 17.12514

距离范围从12.8到17.1。为简单起见，我们使用18-d作为相似性度量。

plot(hc, hang=-1, ylab="Similarity", axes=FALSE)
axis(2, seq(0, 18, by=2), seq(18, 0, by=-2))