Question

我有~100 * .xgmml文件，每个文件指定不同的网络。如何通过Cytoscape为每个输入文件自动生成PNG图像文件的过程？

（Cytoscape命令行选项包括一些加载文件，但我没有看到任何将网络导出为图像文件。）

Answer 1

（在cytoscape 3+中）您可以执行以下操作，将其放入文本文件中并使用cytoscape.sh -S [脚本文件]运行，或者只是在打开后输入cytoscape（工具 - ＆gt ;执行命令文件）：

#Import network
network import file indexColumnTargetInteraction=1 ...
  indexColumnSourceInteraction=2 file="[full path to .xgmml file]"
#Import and set style
vizmap load file file="[full path to .xml style file]"
vizmap apply styles=[style name]
#Set layout
layout attribute-circle
#Set view to fit display
view fit content    
#Save 
view export OutputFile="[full path to output file]" options=PDF

更一般地说，命令行实用程序（工具 - ＆gt;命令行对话框）上的help命令非常有用。它列出了所有可用命令，并且可以查询每个命令的语法。

如何在Cytoscape中自动执行[load + export]操作？

1 个答案: