Question

我有一个代码，我已成功安装在几个使用PBS排队系统的计算集群上，但是我使用SLURM排队系统将其安装到集群上遇到了很大的障碍。大部分代码运行正常，但代码需要提供其文件名（随每次计算而变化），并且它希望将其作为标准输入接收：

      character*8 name
      read (5,'(a8)') name

我通过以下方式向群集提供此标准输入：

srun_ps $1/$2.exe << EOD
$2
EOD

其中$ 1是可执行文件的路径，$ 2是文件名，srun_ps似乎是集群构建的mpi-exec脚本。注意，这段代码在我用于PBS排队系统的集群上运行良好。

然而，我在这里得到的是“读取期间的文件结束，单元5，文件stdin”错误。

此外，如果我在登录服务器的命令行上运行类似的命令（通过提交作业的地方）：

#helloworld.for
     charachter*5 name
     read(5,A5) name
     write(6,A5) name

命令行：

ifort -o helloworld.exe helloworld.for
./helloworld.exe << EOD
hello
EOD

提供“hello”的正确输出。如果我向集群提交相同的作业，我再次收到“文件结束”错误。

完整的职位提交脚本是：

#!/bin/bash
#SBATCH -o /home/Simulation/file.job.o
#SBATCH -D /home/Simulation/
#SBATCH -J file.job
#SBATCH --clusters=mpp1
#SBATCH --get-user-env
#SBATCH --ntasks=12
#SBATCH --time=1:00:00
source /etc/profile.d/modules.sh
/home/script/runjob /home/Simulation/ file

和runjob脚本的相关部分是（脚本的其余部分正在复制相关的输入文件，并在计算完成后清理文件）：

#!/bin/sh
time srun_ps $1/$2.exe << EOD
$2
EOD

我意识到这可能是一个非常具体的问题，但任何建议都会受到赞赏。

大卫。

Answer 1

尝试添加

等行

#SBATCH -i filename

到您的作业提交脚本，在提交脚本时，将通过任何神秘的宏（filename或其他）替换$3。或者，您可以将其放在srun命令中，例如

srun_ps $1/$2.exe EOD

但是我承认在你的脚本中被调用的内容有些混乱。

为运行SLURM的集群上运行的fortran代码提供标准输入

1 个答案: