Question

我正在基于csv文件在R中编写热图。其中包含以下信息：

NAME,metformin,metformin,phenformin,phenyl biguanide,metformin,estradiol
Adenocarcinoma of lung,0,0,0,-1.834006462,1.715939688,0
Adenocarcinoma of lung,1.995916353,0,0,0,0,0
Thymic carcinoma,1.154056722,1.106488961,0,1.145126548,0,-1.14095315
alpha-1-Antitrypsin deficiency,0,0,0,0,-1.917025669,-1.974151858

所以我想创建一个热图，在行的名称中出现标签：肺腺癌，腺癌......等我正在做这个步骤：

hm<-read.csv("heatmap1.csv",sep=",")
row.names(hm)<-hm$NAME
hm<-hm[,2:7]
hm_matrix<-data.matrix(hm)
heatM<-heatmap(hm_matrix, Rowv=NA, Colv=NA, col = cm.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))

我遇到的问题是：

row.names(hm)<-hm$NAME

Error in `row.names<-.data.frame`(`*tmp*`, value = c(1L, 1L, 3L, 2L)) : 
  duplicate 'row.names' are not allowed

我知道我有一个重复的名字，但我真的需要这些数据出现在热图中，因为测量水平（数量）是不同的，即使它们来自同一种疾病。

感谢您的帮助

Answer 1

您可以使用make.unique制作名称的唯一版本

row.names(hm) <-  make.unique(as.character(hm$NAME))

R中的热图，行中的重复名称

1 个答案: