Question

以下最小例子......

require(Rmpi)
set.seed(1)
foo <- parallel::mclapply(seq_len(10), function(l)
                          lapply(1:10, function(x) mean(rnorm(10000, mean=x))),
                          mc.cores=4)

...生成类型为

的警告消息

1: In selectChildren(ac, 1) : error 'Interrupted system call' in select
2: In selectChildren(ac, 1) : error 'Interrupted system call' in select
3: In selectChildren(ac, 1) : error 'Interrupted system call' in select

如何避免它们？

我在包中使用Rmpi和parallel的{{1}}，这就是我要问的原因。请注意，这已发布here但我还没有收到答案。如果这很重要，我将使用Ubuntu 12.10，Emacs 24和R 2.15.2

Answer 1

我在使用Open MPI 1.4.3构建的Rmpi安装中看到了这个问题。我假设您使用Ubuntu时也使用Open MPI。加载Rmpi调用MPI_Init会导致SIGCHLD信号被捕获而不是被忽略。我相信结果是SIGCHLD现在将在mclapply退出时分叉的子进程发送，这会意外中断select中的mclapply系统调用。如果这不会导致任何实际错误，您可以通过调用mclapply内的suppressWarnings来阻止警告消息。

Open MPI用户的邮件列表中有一个discussion of this issue，表明该问题已在Open MPI 1.6系列中的某个时刻得到修复，因此解决此问题的最佳方案可能是升级您的MPI安装已经。

<强>更新

我使用Open MPI 1.6.5和1.7.3尝试了您的示例，但问题仍然存在。我决定使用inline包来实现一个将SIGCHLD信号重置为默认处理的函数。使用它我能运行你的例子而不产生任何警告：

library(Rmpi)
library(inline)
includes <- "#include <signal.h>"
code <- "signal(SIGCHLD, SIG_DFL);"
ignchld <- cfunction(body=code, includes=includes, convention=".C")
ignchld()
foo <- parallel::mclapply(seq_len(10), function(l)
                          lapply(1:10, function(x) mean(rnorm(10000, mean=x))),
                          mc.cores=4)

当然，禁用信号可能会导致Rmpi出现问题。在这种情况下，您可以修改代码以保存和恢复SIGCHLD处理程序，但我不知道是否有必要。

Rmpi：mclapply：在selectChildren（ac，1）中：选择错误'中断系统调用'

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