我正在尝试使用我使用Rscript命令调用的R脚本从制表符分隔文件中读取数据。在脚本中,调用如下:
# within R script called via Rscript
df <- read.csv(file="sig_ids_MCF7_6.mat", header=F, sep="\t")
# produces the error "Error: unexpected numeric constant in "CPD001_MCF7_6H:BRD-A02759312-003-17-9 0.357200026512"
# Execution halted
但是当我只是使用R控制台阅读此文件时,一切正常。
# within R console
df <- read.csv(file="sig_ids_MCF7_6.mat", header=F, sep="\t")
此文件非常大,但摘录如下:
$ head -n 3 sig_ids_MCF7_6.mat | cut -f 1-6
CPD001_MCF7_6H:BRD-A02759312-003-17-9 0.357200026512 -1.81755006313 1.26394999027 0.998450040817 0.267199993134
CPC020_MCF7_6H:BRD-A23290232-001-02-3 0.371100068092 0.52954274416 0.0509457141161 0.202583178878 0.667555570602
CPC016_MCF7_6H:BRD-K98521173-001-03-8 -0.513105690479 -0.618193089962 -0.177318453789 0.425470650196 0.0688976272941
我在Mac OS X版本10.7.5上运行64位R版本2.15.1。知道为什么会这样吗?我一直在谷歌搜索相当没有运气。非常感谢。
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解决:愚蠢的错误,我的命令参数错误,Rscript尝试将数据文件作为脚本运行。道歉。