我从此链接http://www.geneontology.org/GO.downloads.ontology.shtml
上传了完整的Gene Ontology Terms文件我用图表表示数据，其中GO Terms是节点，isA和PartOf关系是边缘。根据我的研究，这个图中只有一个根是GO术语，加入“GO：0008150”。
现在，我希望为每个GO Term分配一个级别，以便进行一些算法。我假设节点的级别是从根开始到结束的最长路径上的节点数。
问题在于，在大约60,000个术语中，我发现只能从根访问大约30,000个节点。因此，剩下的30,000个术语不能有一个级别。这使我无法进行算法。
这个问题的解决方案是什么？
这是我想到的解决方案，您认为这是一个好主意吗？
无法平衡的GO条款没有父母。然而，几乎所有这些（叶子除外）都有儿子，因此，我的想法是检查每个节点中最深层次的儿子，然后将节点的子级别分配给最深层次减去1。例如，如果我们在1 - 3 - 5级有3个儿子，我们将父亲分配给4级，因为它是最深子的级别减1级。
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更直接的是，我会联系GO帮助台提出问题 - 他们非常敏感：
go-helpdesk at ebi.ac.uk
您下载的文件中有三个本体，其中GO：0008150只是一个根。此外，即使您使用了所有三个本体，is_a和part_of也不足以完全连接图形 - 涉及许多其他关系，并且传递性可能很复杂，尤其是在考虑多个路径时：
http://www.geneontology.org/GO.ontology.relations.shtml
最后，您可能想要考虑一下您实际尝试从图表中提取哪些信息，因为GO（一个充满概念）中的“级别”实际上并不包含很多（如果有的话）信息。
答案 1 :(得分：0)