Question

我很惊讶：

import igraph
import random, time
start_time = time.time()
G = igraph.Graph(directed = True)
G.add_vertices(10000)
for i in range(30000):
   G.add_edge(random.randint(0,9999), random.randint(0,9999))
print "done in " + str(int(time.time() - start_time)) + " seconds"

在63秒内完成返回

，而

import igraph
import random, time
start_time = time.time()
G = igraph.Graph(directed = True)
G.add_vertices(10000)
edges = []
for i in range(30000):
    edges += [(random.randint(0,9999), random.randint(0,9999))]
G.add_edges(edges)
print "done in " + str(int(time.time() - start_time)) + " seconds"

在0秒内完成返回。项目中有人知道为什么吗？

Answer 1

原因是igraph使用索引边列表作为C层中的数据结构。索引使得可以在恒定时间内查询特定顶点的邻居。如果您的图表很少更改，这很好，但是当修改操作比查询更频繁时，它会成为负担，因为无论何时添加或删除边缘，都必须更新索引。因此，每次调用add_edge都会使igraph重新索引其内部数据结构。好处是，如果你必须重建索引，你也可以使用add_edges以大致相同的成本添加许多边。因此，在您的第一个代码示例中，您重建索引30000次，而在第二个示例中，您只重建索引一次。

顺便说一下，使用Graph.Erdos_Renyi(n=10000, m=30000)可以更快地完成您正在做的事情。

igraph：为什么add_edge函数与add_edges相比如此之慢？

1 个答案: