Question

我觉得这可能是一个愚蠢的问题，但我花了很长时间寻找答案，似乎找不到答案。甚至很难知道要搜索什么，所以如果在你知道的其他地方回答这个问题，我只需要一个链接。

然而。我正在尝试使用素食包在R中做一个简单的CA，它工作正常。然而，我生成的情节只显示60个“网站”，而实际上我有135个。有谁知道为什么会发生这种情况？我需要能够显示所有对象。我的代码在

之下

library(vegan)
CPUE.matrix <- read.csv("CPUE_Matrix_CA.csv", header=TRUE, row.names=1)
cpue.ca <- cca(CPUE.matrix)
plot(cpue.ca, type="n")
points(cpue.ca, display = "sites", cex = 1.3,  bg=labels, pch=20, col="red")
text(cpue.ca, display = "spec", cex=0.9, col="black")

让您了解我的数据是什么样的：

head(CPUE.matrix)

       Black.Rockfish Brown.Rockfish Copper.Rockfish Pacific.Cod
1974_G57       0.000000      0.0000000       0.4731183        0.00
1974_H66       0.000000      1.6666667       2.0000000        0.00
1974_H67       0.000000      0.0000000       0.0000000        0.00
1974_H78       2.726236      0.0000000       2.6171869        0.00
1974_H79       0.000000      0.5660377       0.0000000        0.00
1974_H80       0.000000      0.1600000       0.0000000        0.08
         Quillback.Rockfish
1974_G57          0.5677419
1974_H66          0.6666667
1974_H67          0.6037736

数据是5种鱼类，135个位置以及每个物种在细胞中每个位置的单位捕获量。当我绘制时，没有足够的位置出现在情节中。

Answer 1

只是为了允许结束这个问题：就像在coments线程中一样，事实证明许多网站彼此重叠。正如其他SO问题中所提到的，使这一点变得更加明显的一种方法是绘制具有部分透明度的图。这样，重叠项目将显得比单个项目更暗。例如，请参阅R: Scatterplot with too many points

R中的简单对应分析 - 并非所有对象都出现在图中？

1 个答案: