我不确定这实际上是一个真正的问题还是一个愚蠢的初学者问题。也许我错过了一些观点，这个问题相当微不足道，所以请耐心等待。
如果我做对了，那么层和层之间的区别在于层与逻辑分离有关，而层则意味着应用程序各部分的物理分离。
可以将层实现为单独的层，以保护应用程序免受用户进行直接调用，例如数据访问对象。但我的目的是以逻辑方式从用户客户端隐藏应用程序的较低层，这意味着没有实际使用单独的jvms或应用程序服务器。我怎么能这样做，这是否与包装的发生方式有关？ （不同档案如罐子，战争，耳朵以隔离逻辑......）。
我实际上对为分层服务器应用程序提供安全性感兴趣，因为可能存在各种不受我控制的客户端。如果我为客户端应用程序编程人员提供高级服务的接口，我也必须使用EJB安全注释来保护较低层。我希望通过将较低层标记为应用程序客户端无法访问的方式，以更优雅的方式执行此操作。
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但我的目的是以逻辑方式从用户客户端隐藏应用程序的较低层，这意味着没有实际使用单独的jvms或应用程序服务器。
如果那些“用户客户端”在同一个JVM中运行，甚至同一个应用程序（例如同一个.war，同一个.ear），那么你所寻求的安全级别只是肤浅的。基本上，您可以防范自己的同事或团队成员（通常，“用户客户”是外部客户端，从不同的计算机运行，通过Internet连接到您）。
在Java EE EAR应用程序中有一些分层，但这些层是为了防止业务逻辑直接访问视图逻辑。例如。较低级别的层无法访问更高级别的层。这些层通过类加载器隔离相互保护。具体来说，每个Web模块位于层次结构的底部，而其他模块（甚至其他Web模块）也无法直接访问其中的代码。 EJB模块是一层向下，所有Web模块以及其他EJB模块都可以访问其中的代码。最后是顶层EAR，它不算作模块，但可以包含不能直接访问模块中的代码的实用程序代码，但可以被所有模块使用（因此跨层，Web模块）也可以直接访问这个）。
Java EE中的模块系统似乎与您想要的方式不同。它隐藏了更高层，而不是更低层。
通过将多个“协作”应用程序部署到同一应用程序服务器，可以实现额外的模块隔离级别。然后，您可以将EJB bean的远程接口定义为您尝试隐藏的逻辑的网关（外观）。请注意，尽管许多应用程序服务器也允许部署到同一AS的其他应用程序从JNDI请求本地EJB，即使EJB规范不要求这样做（但它也不禁止它）。
此外，还有通常的私有和受保护访问修饰符机制，但这些机制更能保护您免受编码错误的影响。反思技巧很容易通过它们。
然后是安全经理。如果您不相信自己的团队成员（“用户客户端”）中的代码，您可能需要考虑使用这些代码。它们可能很难使用，但可能正是您所寻找的。