在python中是否有任何良好的层次聚类包采用距离矩阵？

Question

我有一个由成对的levenshtein距离组成的距离矩阵。我正在使用scikits-learn。但是层次聚类算法并没有将距离矩阵作为聚类的输入。所以我必须搜索一个可以做到这一点的新包。

您是否有用于层次聚类的快速且经过良好测试的软件包？

Answer 1

scipy.cluster.hierarchy.ward函数（在不需要连接约束时用作sklearn的{​​{1}}的后备实现）可以接受观察和预先计算的距离（参见online documentation } 更多细节）。它尚未在Ward的API中公开。