在Ubuntu上编译Fortran netCDF程序

时间:2012-12-18 21:09:28

标签: fortran netcdf

好的,这里有新问题。

我正在尝试编译simple_xy_wr.f90 - 一个netCDF示例程序 - 在Ubuntu上使用gfortran,我必须做一些非常愚蠢的事情;我没有太多编译Fortran的经验。

首先,我安装了libnetcdf-dev软件包,其中包含

等文件
/usr/lib/libnetcdf.a
/usr/lib/libnetcdff.a
/usr/include/netcdf.mod

所以,我试图用(各种命令)

编译代码
f95 -o xy -I/usr/include/ -L/usr/lib/ -lnetcdff -lnetcdf simple_xy_wr.f90

我得到以下输出

/tmp/ccE6g7sr.o: In function `check.1847':
simple_xy_wr.f90:(.text+0x72): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_strerror'
/tmp/ccE6g7sr.o: In function `MAIN__':
simple_xy_wr.f90:(.text+0x284): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_create'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x2b6): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_def_dim'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x2e8): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_def_dim'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x432): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_def_var_manydims'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x468): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_enddef'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x4aa): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_put_var_2d_fourbyteint'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x4cb): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_close'
collect2: error: ld returned 1 exit status

我认为我包含了正确的库。例如。似乎__netcdf_MOD_nf90_strerror应该在那里:

$ nm /usr/lib/libnetcdff.a | grep __netcdf_MOD_nf90_strerror
000000000004a100 T __netcdf_MOD_nf90_strerror

我做错了什么?

(FWIW,我看过的一些相关参考文献如下。

  1. undefined reference using netcdf library

  2. Compiling problems with gfortran and NETCDF

  3. Compiling and Running Fortran Programs - a basic guide

2 个答案:

答案 0 :(得分:9)

在Unix系统上,链接器命令行上的目标文件和存档的排序是非常重要,因为默认的链接器行为是仅在跟随的存档中搜索符号定义目标文件或存档,其中找到了未解析的引用,称为单传递链接。

这意味着如果您的代码引用__netcdf_MOD_nf90_strerror,那么包含此符号(libnetcdff.a)定义的归档文件必须在来自您的目标文件列表后出现程序。 libnetcdff.a本身引用了C库libnetcdf.a中的符号,因此必须在libnetcdff.a之后进行链接。所以正确的链接顺序是:

/tmp/ccE6g7sr.o libnetcdff.a libnetcdf.a

其中/tmp/ccE6g7sr.o是汇编程序从编译的源文件生成的临时目标文件。然后,编译代码的正确命令行是:

f95 -o xy -I/usr/include/ simple_xy_wr.f90 -lnetcdff -lnetcdf

在这种情况下,不直接调用链接器,而是编译器执行此操作。 GCC编译器以相同的顺序将所有与链接相关的内容传递给名为collect2的中间实用程序,然后调用实际的链接器ld

请注意,如果netCDF库归档的共享对象版本也存在(即libnetcdff.solibnetcdf.so),则链接器会更喜欢静态归档(除非启用静态链接)使用-static选项),最终的链接阶段将被处理到运行时链接编辑器(RTLD)(Ubuntu上的/lib64/ld-linux-x86-64.so.2)。在这种情况下,与问题中相同的命令行实际上会成功而没有链接错误,尽管两个库都位于引用它们的代码之前,因为RTLD在加载可执行文件时将解析缺少的符号引用文件。

答案 1 :(得分:5)

在Ubuntu 12.10中,库的顺序是诀窍(正如Hristo建议的那样):


angelv@palas:~$ gfortran  -o xy -I/usr/include/ -L/usr/lib/  -lnetcdf -lnetcdff simple_xy_wr.f90
/tmp/ccj95anF.o: In function `check.1847':
simple_xy_wr.f90:(.text+0x72): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_strerror'
/tmp/ccj95anF.o: In function `MAIN__':
simple_xy_wr.f90:(.text+0x284): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_create'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x2b6): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_def_dim'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x2e8): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_def_dim'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x432): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_def_var_manydims'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x468): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_enddef'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x4aa): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_put_var_2d_fourbyteint'
simple_xy_wr.f90:(.text+0x4cb): undefined reference to `__netcdf_MOD_nf90_close'
collect2: error: ld returned 1 exit status

angelv@palas:~$ gfortran  -o xy -I/usr/include/ simple_xy_wr.f90 -L/usr/lib/  -lnetcdf -lnetcdff 

angelv@palas:~$ ./xy 
           0          12          24          36
 *** SUCCESS writing example file simple_xy.nc!