如何从命令行使用qsub和Python？

Question

我刚试过这个命令：

qsub python commandLineDouble.py 1 10 1 

并收到此错误：

  

由于错误而无法读取脚本文件：错误打开python：没有此类文件或目录

我在一个通常qsub .csh个文件的计算群集上运行它。

Answer 1

我的印象是qsub在群集与群集之间的行为不同。但根据我的经验，我一直都这么做：

qsub myscrip.sh

请注意，这与：

不同

qsub bash myscript.sh
qsub csh myscript.csh

换句话说，qsub是一个围绕shell的wapper（通常是一个特定的shell，但由于shell足够相似，这通常不是问题），而不是围绕任意命令。这里的简单修复就是将命令放在shell脚本中并提交：

#qsub directives here
#wrapper.sh
python commandLineDouble.py 1 10 1

现在你只做qsub wrapper.sh而Bob是你的叔叔（假设你的集群的并行环境已经安装了python ......）。

Answer 2

使用-S选项

$ qsub -S $(which python) commandLineDouble.py 1 10 1

Answer 3

在PBS Pro上，如果要提供实际的命令行而不是脚本，则需要使用双连字符：

qsub - python commandLineDouble.py 1 10 1

Answer 4

您是否尝试过echo "script.py <args>" | qsub？