使节点更加分离（图形可视化）

Question

我正在尝试从距离矩阵绘制图表。代码工作正常，给我一个图像。图像很大但所有节点都打包在一起。我想增加节点之间的空间。 我希望节点更加分开而不是放大。

我尝试了Graphviz NEATO，但问题是它只支持100个节点，因为我有1000个节点，它显示了10个簇，每个节点有100个节点。

我的整体代码 -

import networkx as nx
import pickle
import matplotlib.pyplot as plt
print "~~~Unpickle."
p_file = open('pickles/names')
Names = pickle.load(p_file)
p_file.close()
p_file = open('pickles/distance')
Dist = pickle.load(p_file)
p_file.close()

G = nx.Graph()

print "~~~Inserting Nodes."
for store in Names:
    G.add_node(store)

print "~~~Inserting Edges."

for i in range(601):
    for j in range(601):
        if Names[i]!=Names[j]:
            G.add_edge(Names[i],Names[j],weight=Dist[i][j])
print "~~~Drawing Graph."
nx.draw(G,pos,node_color='#A0CBE2',edge_color='none',width=1, edge_cmap=plt.cm.Blues, with_labels=False)
print "~~~Saving Figure."
plt.savefig("graph.png", dpi=500, facecolor='w', edgecolor='w',orientation='portrait', papertype=None, format=None,transparent=False, bbox_inches=None, pad_inches=0.1) 
print "~~~Success!"

输出（边缘和标签已移除）：

具有600个节点的Graphvix NEATO的输出 -

Answer 1

来自figure文档：

figure(num=None, figsize=(8, 6), dpi=80, facecolor='w', edgecolor='k')

因此，图（figsize =（10,10））创建了一个10英寸×10英寸的图像，其像素为800×800像素。

如果要打印大型网络图，最简单的方法是增加DPI。

尝试类似：

plt.figure(num=None, figsize=(10, 10), dpi=1200). This will produce a large image file.

您也可以尝试打印pdf

plt.savefig("graph.pdf")

使用此选项，最终图形不会被栅格化。

要更改节点之间的距离，可以缩小节点或更改布局。更改 布局很难做好。

在布局中尝试缩放选项 例如，

scale = 2

将使所有节点之间的距离加倍。

因此，在您的示例中，更改行

nx.draw(G)

到

pos = nx.circular_layout(G, scale=2)
nx.draw(G, pos)

您还可以使用不同的布局，请参阅documentation以获取更多详细信息。