我在标有黄铜的数据集中读到,我需要为每个年龄的3个国家找到logit函数日志(p / 1-p),并根据黄铜标准绘图。
dat <- structure(list(Age=c(1L,5L,10L,20L,30L),Brass_Standard=c(85,76.9,75,71.3,65.2),Sweden=c(98.7,98.4,98.2,97.9,97.4),Italy=c(84.8,73.9,72.1,69.9,64.1),Japan=c(96.4,95.2,94.7,93.8,91.7)),.Names=c("Age","Brass_Standard","Sweden","Italy","Japan"),class="data.frame",row.names=c("1","2","3","4","5"))
Age Brass_Standard Sweden Italy Japan
1 1 85.0 98.7 84.8 96.4
2 5 76.9 98.4 73.9 95.2
3 10 75.0 98.2 72.1 94.7
4 20 71.3 97.9 69.9 93.8
5 30 65.2 97.4 64.1 91.7
我将R中的logit定义为
logit<-function(x) log(x/(1-x))
但是当我尝试执行瑞典语的值时,我收到错误。其次,如何绘制各国的logit曲线进行比较。
答案 0 :(得分:4)
阅读数据:
dat <- read.table(textConnection(
"Age Brass_Standard Sweden Italy Japan
1 1 85.0 98.7 84.8 96.4
2 5 76.9 98.4 73.9 95.2
3 10 75.0 98.2 72.1 94.7
4 20 71.3 97.9 69.9 93.8
5 30 65.2 97.4 64.1 91.7
"))
获取套餐:
library(ggplot2)
library(scales)
library(reshape2)
将百分比重新调整为比例:
dat[,-1] <- dat[,-1]/100
重塑数据:
mdat <- melt(dat,id.var="Age")
绘制所有变量(包括Brass_Standard
)vs年龄,y轴转换为logit标度,显示线性回归拟合:
qplot(Age,value,data=mdat,colour=variable)+
scale_y_continuous(trans=logit_trans())+
geom_smooth(method="lm")+theme_bw()
ggsave("logitplot1.png")
重塑数据的方式略有不同:
mdat2 <- melt(dat,id.var=c("Age","Brass_Standard"))
将数据与Brass_Standard
而不是Age
进行对比:将x和y转换为logit比例,然后再次添加线性回归拟合。
qplot(Brass_Standard,value,data=mdat2,colour=variable)+
scale_y_continuous(trans=logit_trans())+
scale_x_continuous(trans=logit_trans())+
geom_smooth(method="lm")+
theme_bw()
ggsave("logitplot2.png")
如果你需要得到这些拟合的系数,我会建议像:
library(nlme)
pdat <- with(mdat2,data.frame(Age,variable,
logit_Brass_Standard=plogis(Brass_Standard),
logit_value=plogis(value)))
fit1 <- lmList(logit_Brass_Standard~logit_value|variable,data=pdat)
coef(fit1)
http://www.demog.berkeley.edu/~eddieh/toolbox.html#BrassMortality看起来也可能有用。
(我希望我不会为你做功课......)