在Python中从相似性矩阵中找到具有一些皱纹的最佳成对比对集

Question

我试图从相似性矩阵中找到两个序列的最佳比对。值越高表示对齐越好。

import numpy as np
a = np.array([
[0,5,5,5,5,5,5,5],
[3,10,0,0,0,9,0,0],
[3,0,10,0,0,0,1,0],
[3,0,0,9,0,0,0,0],
[3,0,0,0,0,0,0,10],
])

除了行0和列0之外，每行/列必须与一个列/行对齐，可以在0或更多对齐中使用。

也就是说，这些序列的最佳比对是：

(0,0)
(1,1)
(2,2)
(3,3)
(0,4)
(0,5)
(0,6)
(4,7)

(1,5)不是对齐对，因为(1,1)是更好的对齐方式，行和列＆gt; 0只能参与一个对齐。

任何建议都表示赞赏。

Answer 1

我正在稍微改变这个问题。现在，每列必须与一行完全对齐，每行必须与一列完全对齐。为了使矩阵成方形，我添加的行/列等同于行/列0，之前可以参与多个对齐。使用方阵并要求每行/每列仅参与一个对齐，可以将问题视为稳定婚姻问题的一个实例。