Question

我试图使用Xcode及其命令行工具在山狮的干净安装上安装python及其科学库。

我安装了自制软件，并通过它安装了一个新的python 2.7，因为我不想搞砸Apple提供的那个。我也总是通过自制软件安装gfortran。

然后我从源代码安装Numpy，使用标志使用gfortran构建它。我这样做是因为如果我pip安装它，那么scipy安装将会失败。

安装完成后，我通过bumpy.test（'full'）对其进行了测试，结果显示确定。

此时我尝试使用pip或源代码安装scipy。结果是相同的，它安装但我得到了大量的失败和一个错误，当我使用scipy.test（）测试它。知道如何解决这个问题吗？

报告的错误是

ERROR: test_logm_consistency (test_matfuncs.TestExpM)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/tests/test_matfuncs.py", line 124, in test_logm_consistency
    assert_array_almost_equal(expm(logm(a)), a)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/matfuncs.py", line 453, in logm
    errest = norm(expm(F)-A,1) / norm(A,1)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/matfuncs.py", line 49, in expm
    A_L1 = norm(A,1)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/scipy/linalg/misc.py", line 12, in norm
    a = np.asarray_chkfinite(a)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/lib/function_base.py", line 590, in asarray_chkfinite
    "array must not contain infs or NaNs")
ValueError: array must not contain infs or NaNs

失败与boas，basic，dot，asum，nrm2，arpack相关。

如何解决这个问题？

Answer 1

我的建议是始终在virtualenv中设置python计算环境（特别是像scipy和numpy这样的挑剔包）。 virtualenv是一个工具，允许您设置和切换进出隔离的python环境，以便在一个环境中安装和更改东西不会弄乱其他环境。

编辑：使用virtualenv的另一个原因是，如果你搞砸了一切，你没有弄乱你的全局系统配置，你可以删除virtualenv并从头开始修复它。我还推荐virtualenvwrapper，它基本上只是一些糖，使virtualenv更直观，更快速地使用。

还要解决您的实际问题：我相信您仍然必须使用scipy的开发分支才能在OSX 10.8上成功编译。我完全遵循了here的说明，一切正常。

在山狮上安装Scipy

1 个答案: