Question

当我使用包含动态分配的数组的自定义MPI数据类型时，我不明白为什么MPI_Reduce（）会发生分段错误。有人知道吗？以下代码在MPI_Reduce（）内部与2个处理器崩溃。但是，如果我删除成员double * d int MyType并相应地更改运算符和MPI类型例程，则减少完成没有任何问题。

使用动态分配的数组是否存在问题，或者我的工作存在根本错误：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>



typedef struct mytype_s
{
    int c[2];
    double a;
    double b;
    double *d;
} MyType;



void CreateMyTypeMPI(MyType *mt, MPI_Datatype *MyTypeMPI)
{
    int block_lengths[4];                        // # of elt. in each block
    MPI_Aint displacements[4];                   // displac.
    MPI_Datatype typelist[4];                    // list of types
    MPI_Aint start_address, address;            // use for calculating displac.
    MPI_Datatype myType;

    block_lengths[0] = 2;
    block_lengths[1] = 1;
    block_lengths[2] = 1;
    block_lengths[3] = 10;

    typelist[0] = MPI_INT;
    typelist[1] = MPI_DOUBLE;
    typelist[2] = MPI_DOUBLE;
    typelist[3] = MPI_DOUBLE;

    displacements[0] = 0;

    MPI_Address(&mt->c, &start_address);
    MPI_Address(&mt->a, &address);
    displacements[1] = address - start_address;

    MPI_Address(&mt->b,&address);
    displacements[2] = address-start_address;

    MPI_Address(&mt->d, &address);
    displacements[3] = address-start_address;

    MPI_Type_struct(4,block_lengths, displacements,typelist,MyTypeMPI);
    MPI_Type_commit(MyTypeMPI);
}




void MyTypeOp(MyType *in, MyType *out, int *len, MPI_Datatype *typeptr)
{
    int i;
    int j;

    for (i=0; i < *len; i++)
    {
        out[i].a += in[i].a;
        out[i].b += in[i].b;
        out[i].c[0] += in[i].c[0];
        out[i].c[1] += in[i].c[1];

        for (j=0; j<10; j++)
        {
            out[i].d[j] += in[i].d[j];
        }
    }
}




int main(int argc, char **argv)
{
    MyType mt;
    MyType mt2;
    MPI_Datatype MyTypeMPI;
    MPI_Op MyOp;
    int rank;
    int i;

    MPI_Init(&argc,&argv);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&rank);


    mt.a = 2;
    mt.b = 4;
    mt.c[0] = 6;
    mt.c[1] = 8;
    mt.d = calloc(10,sizeof *mt.d);
    for (i=0; i<10; i++) mt.d[i] = 2.1;

    mt2.a = 0;
    mt2.b = 0;
    mt2.c[0] = mt2.c[1] = 0;
    mt2.d = calloc(10,sizeof *mt2.d);


    CreateMyTypeMPI(&mt, &MyTypeMPI);
    MPI_Op_create((MPI_User_function *) MyTypeOp,1,&MyOp);

    if(rank==0) printf("type and operator are created now\n");

    MPI_Reduce(&mt,&mt2,1,MyTypeMPI,MyOp,0,MPI_COMM_WORLD);

    if(rank==0)
    {




        for (i=0; i<10; i++) printf("%f ",mt2.d[i]);
        printf("\n");
    }

    free(mt.d);
    free(mt2.d);
    MPI_Finalize();

    return 0;
}

Answer 1

让我们来看看你的结构：

typedef struct mytype_s
{
    int c[2];
    double a;
    double b;
    double *d;
} MyType;

...

MyType mt;
mt.d = calloc(10,sizeof *mt.d);

您对此结构的描述为MPI类型：

displacements[0] = 0;

MPI_Address(&mt->c, &start_address);
MPI_Address(&mt->a, &address);
displacements[1] = address - start_address;

MPI_Address(&mt->b,&address);
displacements[2] = address-start_address;

MPI_Address(&mt->d, &address);
displacements[3] = address-start_address;

MPI_Type_struct(4,block_lengths, displacements,typelist,MyTypeMPI);

问题是，这个MPI结构只是永远将应用于您在此处定义中使用的结构的一个实例。 calloc()决定从中获取内存的所有地方都无法控制;它可以在虚拟内存中的任何地方。您创建和实例化的下一个类型，d数组的位移将完全不同;甚至使用相同的结构，如果使用当前realloc()的{{1}}更改数组的大小，它可能最终会有不同的位移。

因此，当您使用其中一种类型发送，接收，减少或其他任何内容时，MPI库将尽职尽责地转移到可能无意义的位移，并尝试从那里读取或写入，这可能会导致段错误

请注意，这不是MPI的事情;在使用任何低级通信库时，或者在尝试从磁盘写出/读入时，你会遇到同样的问题。

您的选项包括将数组手动“编组”到消息中，或者使用其他字段或不使用;或者在d所在的位置添加一些可预测性，例如将其定义为某个已定义的最大大小的数组。

包含动态分配数组的自定义数据类型的MPI_reduce（）：分段错误

1 个答案: