获得Enthought Python Distribution以配合COPASI和libsbml

时间:2012-11-16 02:40:00

标签: python python-2.7

我一直在使用Enthought Python Distribution(学术版),但是一直在尝试为项目安装一些额外的软件包,并且遇到了我对命令行相对缺乏经验而产生的问题。 / p>

这些是:

  • COPASI
  • libSBML
  • StochPy

最后一个进展顺利,一个简单的python setup.py install,一切似乎都运行良好。但COPASI和libSBML似乎都没有起作用。

导入其中任何一个是netting“ImportError:没有名为COPASI / libsbml的模块”。

我根据directions here安装了libSBML。并使用this suggested workaround让它与Enthought一起工作,但无济于事。对于COPASI,我按照指示安装了COPASI,并按照以下说明进行Python绑定:

  

一旦下载了Java绑定的二进制包,就必须将其解压缩。它将被解压缩到名为copasi_python的目录中。该目录包含本机库,python文件,文档文件和许可证文件。它还包含一个名为unittests的目录,其中包含许多单元测试,可用于检查绑定是否正常工作。

     

要运行单元测试,首先必须将PYTHONPATH环境变量设置为本机库和COPASI.py文件所在的目录。一旦你进入unittests目录,就会找到一个名为runTests.py的文件,它运行目录中的所有单元测试。

我编辑的.bash_profile文件现在看起来像这样:

export PATH="/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/Current/bin:${PATH}"
export PYTHONPATH=/usr/local/lib/python2.7/site-packages
export PYTHONPATH=/Applications/COPASI/copasi35_python27_macosx107_x64:$PYTHONPATH

第一行是使EPD成为默认的python解释器,第二行是上面建议的解决方法的结果,第三行是根据COPASI的说明。知道我做错了吗?

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