在Matplotlib中设置轮廓子图的位置

Question

我正在使用SciPy识别CT图像中的肿瘤。一旦我确定了包含肿瘤的切片，我就使用以下方法检索切片：

slice_x, slice_y = ndimage.find_objects(label_im==label)[0]

然后我按如下方式绘制完整图像：

plt.imshow(image, cmap='gray')

我想在适当的位置将原始图像顶部的提取切片（包含肿瘤）的轮廓覆盖。但是，我不能让等高线图位于适当的区域之上。相反，等高线图始终位于图像的左上角。这是我正在使用的：

plt.contour(mask[slice_x, slice_y], position=(slice_x.start, \
slice_y.start), linewidths=2, colors='r')

结果如下：

如何在主图内设置等高线图的位置？谢谢！

Answer 1

您需要使用extent关键字参数而不是position。但是，您需要指定一个最大值和一个开头（即它必须是extent=[xmin, xmax, ymin, ymax]）

在您的情况下，它看起来像：

extent=[xslice.start, xslice.stop+1, yslice.start, yslice.stop+1]
plt.contour(mask[xslice, yslice], extent=extent)

请注意，您可能需要使用origin关键字参数（或翻转ymin和ymax）来控制输入数据的解释方式。

或者，您可以执行以下操作：

x, y = np.mgrid[xslice, yslice]
plt.contour(x, y, mask[xslcie, yslice])

如果你在大区域工作，效率会有点低，但它更清洁。

作为后一种方法的完整示例：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.cm as cm

data = np.random.random((100,100))

xslice, yslice = slice(20, 30), slice(45, 65)

plt.imshow(data, cmap=cm.gray)

x, y = np.mgrid[xslice, yslice]
plt.contour(x, y, data[xslice, yslice])

plt.show()