如何计算R中每组的初始值的差异?

时间:2012-11-14 21:01:06

标签: r

我在R:

中安排了这样的数据
indv    time    val
A          6    5
A         10    10
A         12    7
B          8    4
B         10    3
B         15    9

每次对每个人(indv),我想从初始时间计算值(val)的变化。所以我最终得到这样的东西:

indv time   val val_1   val_change
A       6     5    5       0
A      10    10    5       5
A      12     7    5       2
B       8     4    4       0
B      10     3    4      -1
B      15     9    4       5

谁能告诉我怎么做到这一点?我可以用

ddply(df, .(indv), function(x)x[which.min(x$time), ])

得到像

这样的表格
indv    time    val
A          6    5   
B          8    4   

但是,我无法弄清楚如何制作列val_1,其中每个人的最小值都匹配。但是,如果我可以这样做,我应该可以使用类似的内容添加列val_change

df['val_change'] = df['val_1'] - df['val']

编辑:下面发布了两个优秀的方法,但两者都依赖于我的时间列进行排序,以便小时间值在高时间值之上。我不确定我的数据总是如此。 (我知道我可以先在Excel中排序,但我试图避免这种情况。)当表格显示时,我怎么能处理一个案例:

indv    time    value
A          10   10
A           6   5
A          12   7
B           8   4
B          10   3
B          15   9

3 个答案:

答案 0 :(得分:5)

这是一个data.table解决方案,它将具有内存效率,因为它在data.table中通过引用进行设置。设置密钥将按关键变量

排序
library(data.table)
DT <- data.table(df)  
# set key to sort by indv then time
setkey(DT, indv, time)
DT[, c('val1','change') := list(val[1], val - val[1]),by = indv]
# And to show it works....
DT
##    indv time val val1 change
## 1:    A    6   5    5      0
## 2:    A   10  10    5      5
## 3:    A   12   7    5      2
## 4:    B    8   4    4      0
## 5:    B   10   3    4     -1
## 6:    B   15   9    4      5

答案 1 :(得分:4)

以下是使用ddply

的plyr解决方案
ddply(df, .(indv), transform, 
      val_1 = val[1],
      change = (val - val[1]))

  indv time val val_1 change
1    A    6   5     5      0
2    A   10  10     5      5
3    A   12   7     5      2
4    B    8   4     4      0
5    B   10   3     4     -1
6    B   15   9     4      5

要获得第二张桌子,请尝试以下方法:

ddply(df, .(indv), function(x) x[which.min(x$time), ])
  indv time val
1    A    6   5
2    B    8   4

编辑1

要处理未分类的数据,例如您在编辑中发布的数据,请尝试以下

unsort <- read.table(text="indv    time    value
A          10   10
A           6   5
A          12   7
B           8   4
B          10   3
B          15   9", header=T)


do.call(rbind, lapply(split(unsort, unsort$indv), 
                  function(x) x[order(x$time), ]))
    indv time value
A.2    A    6     5
A.1    A   10    10
A.3    A   12     7
B.4    B    8     4
B.5    B   10     3
B.6    B   15     9

现在,您可以将上述过程应用于此已排序的数据框

编辑2

对数据框进行排序的一种较短方法是使用doBy包中的sortBy函数

library(doBy)
orderBy(~ indv + time, unsort)
  indv time value
2    A    6     5
1    A   10    10
3    A   12     7
4    B    8     4
5    B   10     3
6    B   15     9

编辑3

您甚至可以使用ddply

对df进行排序
ddply(unsort, .(indv, time), sort)
  value time indv
1     5    6    A
2    10   10    A
3     7   12    A
4     4    8    B
5     3   10    B
6     9   15    B

答案 2 :(得分:3)

您可以使用基本功能执行此操作。使用您的数据

df <- read.table(text = "indv    time    val
A   6   5
A   10  10
A   12  7
B   8   4
B   10  3
B   15  9", header = TRUE)

我们首先在split()变量

df indv
sdf <- split(df, df$indv)

接下来,我们转换sdf的每个组件,以类似于您建议的方式添加val_1val_change变量

sdf <- lapply(sdf, function(x) transform(x, val_1 = val[1],
                                         val_change = val - val[1]))

最后,我们安排将各个组件逐行绑定到一个数据框中:

df <- do.call(rbind, sdf)
df

给出了:

R> df
    indv time val val_1 val_change
A.1    A    6   5     5          0
A.2    A   10  10     5          5
A.3    A   12   7     5          2
B.4    B    8   4     4          0
B.5    B   10   3     4         -1
B.6    B   15   9     4          5

修改

为了解决OP在评论中引发的排序问题,修改lapply()调用以包括transform()之前的排序步骤。例如:

sdf <- lapply(sdf, function(x) {
                     x <- x[order(x$time), ]
                     transform(x, val_1 = val[1],
                               val_change = val - val[1])
                   })

在使用中我们有

## scramble `df`
df <- df[sample(nrow(df)), ]
## split
sdf <- split(df, df$indv)
## apply sort and transform
sdf <- lapply(sdf, function(x) {
                     x <- x[order(x$time), ]
                     transform(x, val_1 = val[1],
                               val_change = val - val[1])
                   })
## combine
df <- do.call(rbind, sdf)

再次给出:

R> df
    indv time val val_1 val_change
A.1    A    6   5     5          0
A.2    A   10  10     5          5
A.3    A   12   7     5          2
B.4    B    8   4     4          0
B.5    B   10   3     4         -1
B.6    B   15   9     4          5