在R中的距离矩阵中按字母顺序排列列/行

Question

这应该相对简单，但出于某种原因，我很难过。

我想重新排序系统发育距离矩阵，以便列按字母顺序排列。

这是一个简单的例子：

require("ape")
set.seed(5)
dist(cophenetic(rtree(5)))

有什么想法吗？

Answer 1

喜欢这个吗？

require("ape")
set.seed(5)
res <- dist(cophenetic(rtree(5)))
res <- as.matrix(res)
res <- as.dist(res[order(rownames(res)),order(colnames(res))])

Answer 2

如果T <- dist(cophenetic(rtree(5)))

T属于dist类，因此它没有名称，只有标签。
您可以订购其标签

ordering <- sort(attr(T, "Labels"))

您可以将其强制转换为矩阵，然后对其进行排序

T.mat <- as.matrix(T)[ordering, ordering]

然后正如@Roland建议的那样，将其转换回dist

T  <- as.dist(T.mat)

如果您想控制矩阵的格式，可以使用以下

T.fm <- format(T.mat, digits=3, nsmall=3)
T.fm[row(T.fm) < col(T.fm)] <- ""
print(T.fm, quote=F)

#      t1    t2    t3    t4    t5   
# t1 0.000                        
# t2 3.436 0.000                  
# t3 1.309 3.632 0.000            
# t4 2.145 2.338 2.530 0.000      
# t5 1.756 2.783 2.173 1.136 0.000

T  <- as.dist(T.fm)
T
#       t1    t2    t3    t4
# t2 3.436                  
# t3 1.309 3.632            
# t4 2.145 2.338 2.530      
# t5 1.756 2.783 2.173 1.136