我与多个网站的共享主机帐户遭到入侵。我的PC上的一些恶意软件，我可能通过下载PDF文件，找到了我的所有FTP密码，并愉快地开始在服务器上的所有索引。*文件中插入一些代码。我现在摆脱了这个恶意软件，我已经准备好在我修复损坏后立即更改所有FTP密码。
我确实有一些备份，但不是所有的备份，而不是最近的备份。所以我认为恢复所有内容的最简单，最快捷的方法是修复所有文件夹中的所有index.html文件。但是，因为我使用Joomla，其中每个文件夹都有一个index.html文件来阻止目录列表，所以有数千个这样的文件。所以，我需要使用自动化工具。
令我惊讶的是，我还没有找到可执行选项2或3的脚本。我确实找到了各种程序或脚本来完成工作（搜索和替换字符串，递归遍历目录树等等）但不幸的是我无法将这些结合到一个有效的解决方案中。
最好是解决方案是在服务器上运行的php或其他脚本，因此我不需要下载所有内容，可以使用FTP和cPanel作为我唯一的工具。
根据我的研究，我不是这个恶意软件的唯一受害者。因此，解决方案也可以帮助其他Joomla用户。此外，如果解决方案能够使用自定义文件名（例如index2.php）替换为所选文件作为要复制的模板，那么使用任何类型的php文件成为受害者的任何人都将得到解决方案的帮助。显然，预计受害者人数会增加。
有谁知道一个php脚本对我来说是一个解决方案，还是有人能够创建一个？
假设找到了一个解决方案，是否有人有一个博客可供其他人发布和找到？
许多人提前感谢！
PS我应该注意，恶意软件实际上会更改任何名为index的文件，显然也是默认的。但是扩展名为.php的文件不多，我可以手动完成。