Question

我试图计算列表中每个项目之间的Pearson相关性相关性。我试图获得数据[0]和数据[1]，数据[0]和数据[2]，数据[1]和数据[2]之间的相关性。

import scipy
from scipy import stats

data = [[1, 2, 4], [9, 5, 1], [8, 3, 3]]

def pearson(x, y):
    series1 = data[x]
    series2 = data[y]
    if x != y:
        return scipy.stats.pearsonr(series1, series2)

h = [pearson(x,y) for x,y in range(0, len(data))]

这会在TypeError: 'int' object is not iterable上返回错误h。有人可以在这里解释错误吗？感谢。

Answer 1

range会在您尝试使用它时返回一个int值列表，就像它返回一个元组一样。请改为itertools.combinations：

import scipy
from scipy import stats
from itertools import combinations

data = [[1, 2, 4], [9, 5, 1], [8, 3, 3]]

def pearson(x, y):
    series1 = data[x]
    series2 = data[y]
    if x != y:
        return scipy.stats.pearsonr(series1, series2)

h = [pearson(x,y) for x,y in combinations(len(data), 2)]

或者@Marius建议：

h = [stats.pearsonr(data[x], data[y]) for x,y in combinations(len(data), 2)]

Answer 2

为什么不使用numpy.corrcoef

import numpy as np
data = [[1, 2, 4], [9, 5, 1], [8, 3, 3]]

结果：

>>> np.corrcoef(data)
array([[ 1.        , -0.98198051, -0.75592895],
       [-0.98198051,  1.        ,  0.8660254 ],
       [-0.75592895,  0.8660254 ,  1.        ]])

Answer 3

range（）函数只为每次迭代提供一个int，并且不能将int赋给一对值。

如果您想要在该范围内完成所有可能的整数，您可以尝试

import itertools

h = [pearson(x,y) for x,y in itertools.product(range(len(data)), repeat=2)]

这将把给定范围内的所有可能性组合成2个元素的元组

请记住，使用您定义的函数，当x == y时，您将拥有None值。要解决这个问题，你可以使用：

import itertools

h = [pearson(x,y) for x,y in itertools.permutations(range(len(data)), 2)]

计算列表中每个项目之间的相关性

3 个答案: