用于蛋白质折叠的开源GPGPU项目

Question

我正在寻找一个用于蛋白质折叠的开源GPGPU项目（CUDA / OpenCL）。你能给我一些建议吗？

由于

Answer 1

Folding @ home可能是迄今为止最大的基于GPU的蛋白质折叠项目。所以你最好使用他们使用的任何东西：Folding@home open source FAQ。这似乎是Gromacs和OpenMM的自定义版本。

像这样的软件的完整列表在这里：Molecular modeling on GPUs。除了GROMACS / OpenMM之外，值得注意的软件包包括NAMD（自1995年以来一直存在）和ACEMD。

这些可以分为分子动力学（使用经验势场），ab-initio（使用量子力学）和混合。这些都不是蛋白质折叠特异性的，但大多数分子动力学包可以处理蛋白质折叠大小的问题。 ab-initio软件包还没有，但越来越近了。