Question

我正在尝试在R中制作一个热图，其中标签文本是彩色的（表示数据点来自哪个组）。

我目前正在使用heatmap.2，但很乐意使用另一个包。

heatmap.2(data.matrix(data),trace = 'none', dendrogram='none',ColSideColors=col)

这个调用给了我沿着标签的彩色条（ColSideColors），但是我想让标签自己着色。

非常感谢！

Answer 1

您需要创建一个包含col.axis参数的新函数。这些是要使用的函数的行：

# there were four long pages of code before this section:

axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexCol)
if (!is.null(xlab)) 
        mtext(xlab, side = 1, line = margins[1] - 1.25)
axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexRow)

Answer 2

我最近遇到了同样的问题，最后我使用mtext来替换原来的axis。以前的答案显示了axis语句来绘制标签。但是，col.axis只能指定一种颜色。要启用矢量颜色，

#    axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexCol )
mtext(side = 1, text = labCol, at = 1:nc, las = 2, line = 0.5,col = ClabColor, cex = cexCol)


#    axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexRow )
mtext(side = 4, text = labRow, at = iy, las = 2, line = 0.5,col = RlabColor, cex = cexCol)

另外，请记住向函数ClabColor = "black", RlabColor = "black"添加两个参数。默认颜色为黑色。

您需要注意的另一件事是，矢量颜色应遵循标签的顺序，这些标签在计算树状图时会被置换

Answer 3

由于缺少评论权限，我无法回复lwz0203，但他们的代码不完整。您需要添加以下行：

if(is.vector(RlabColor)) {
    RlabColor=RlabColor[rowInd]
}

（和ClabColor一样）

if(is.vector(ClabColor)) {
    ClabColor=ClabColor[colInd]
}

在代码中的某个位置，或者当您使用颜色矢量时，您将获得与标签不匹配的着色。矢量labRow或labCol中的文本已经使用代码重新排序：

if (is.null(labRow))
    labRow <- if (is.null(rownames(x)))
        (1:nr)[rowInd]
        else rownames(x)
else labRow <- labRow[rowInd]

所以我在同一个地方添加了RlabColor和ClabColor的重新排序。

R热图中的颜色标签（文本）

3 个答案: