Graphviz：如何插入两个新的链接节点并最小化边缘交叉？

Question

我有以下图表：

如您所见，有两个自然群集。我想找出一种方法将这些聚类分成两个图。

关键的一步当然是计算正确的分裂。我想插入两个节点n1＆amp; n2，将它们连接起来e（n1，n2），然后移动它们，最大限度地减少边缘交叉的数量（当然，将所有节点/边缘精确地固定在它们所在的位置）。

有人可以在这里提供任何帮助吗？我不认为graphviz有任何能让我这样做的东西。

Answer 1

我认为你在这里混合了两个不同的任务：一个是图的分析，另一个是可视化。

Graphviz，顾名思义，是一种图形可视化工具。可视化可以采用多种形式，通常是通过使这些节点彼此接近连接来“使其看起来很好”，从而减少可视边缘长度。可以利用一些弹簧或重力模型来计算所有节点的最佳位置。其他选项包括圆形或外壳布局。

某个可视化不应该是分析图表的基础。图形属性（如平均最短路径长度或聚类系数）与任何可视化无关。

你说你想“最小化边缘交叉的数量”。边缘交叉的数量是可视化的属性，而不是图表的属性！每次让graphviz计算布局时，它可能会更改，即使图形未更改。谁说2d是你图表唯一可能的表示？只添加一个维度，您将不会有任何边缘交叉。

我建议专注于图表分析。我不知道你是否知道NetworkX。他们有数十Algorithms来分析您的图表。也许你感兴趣的是集群和 clique 部分。