Question

我正在运行R来处理大小约1Gb的文件，将其过滤成几个较小的文件，然后尝试将它们打印出来。我在整个过程中的不同阶段都会遇到这样的错误：

**Error: cannot allocate vector of size 79.4 Mb**

这个大小的向量应该是一个非问题，我/应该/应该使用多少内存。我的机器有24Gb的内存，绝大多数内存仍然是免费的，即使其中包含这些大型对象的R环境已启动并运行，我看到上面的错误。

free -m
             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:         24213       2134      22079          0         55        965
-/+ buffers/cache:       1113      23100
Swap:        32705          0      32705

这是R对gc（）的回应：

corner      used   (Mb) gc trigger   (Mb)  max used   (Mb)
Ncells    673097   18.0    1073225   28.7    956062   25.6
Vcells 182223974 1390.3  195242849 1489.6 182848399 1395.1

我在Ubuntu 12.04.1 LTS工作

以下是我正在使用的机器的一些规格：

i7-3930K 3.20 GHz Hexa-core (6 Core)12MB Cache
ASUS P9X79 s2011 DDR3-1333MHZ,1600 upto 64GB
32GB DDR3 ( 8x4GB Module )
128GB SSD drive
Asus nVidia 2GB GTX660 TI-DC2O-2GD5 GeForce GTX 660 Ti i

这是我试图写入文件的对象：

dim(plant)
[1] 10409404       13

'plant'对象属于“data.frame”类。这是提示错误的代码行之一：

write.table(plant, "file.txt", quote=F, sep="\t", row.names=T, col.names=F)

非常感谢任何有关解决此问题的帮助。

Answer 1

尝试使用memory.limit（）函数！

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memory.limit(2000)
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R中的内存使用/分配

1 个答案: