R中的列式聚类

Question

我有以下方式的数据矩阵：

ID_REF GSM362180    GSM362181  GSM362188    GSM362189  GSM362192
244901 5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.759221647
244902 5.194528083 4.985930299 4.817426064 5.151654407 4.838741605
244903 5.412329253 5.352970877 5.06250609  5.305709079 8.365082403
244904 5.529220594 5.28134657  5.467445095 5.62968933  5.458388909
244905 5.024052699 4.714631878 4.792865831 4.843975286 4.657188246
244906 5.786557533 5.242403911 5.060605782 5.458148567 5.890061836

我想逐列聚类以找出类似的启动子（列代表启动子和行 - 基因）。我之前使用过pv clust来做这件事，但是希望有一个更详细的聚类（可能是分层类型？）。我想知道列聚集在一起多远。我总共有20列和22810个基因。

Answer 1

Google搜索R clustering会产生许多有趣的结果。选项可以是hclust。 This link也可能很有趣。