写入制表符分隔文件或csv文件

Question

我有一个RMA规范化数据（来自CEL文件），并希望将其写入我可以在excel中打开但有一些问题的文件。

library(affy)
cel <- ReadAffy()
pre<-rma(cel)
write.table(pre, file="norm.txt", sep="\t")
write.table(pre, file="norma.txt")

outut在文本文件中按行排列，使用上面的命令编写，因此当导出到excel时，它的格式错误，许多信息在最大行用完时被截断。输出看起来如下：

GSM 133971.CEL 5.85302 3.54678 6.57648 9.45634
GSM 133972.CEL 4.65784 3.64578 3.54213 7.89566
GSM 133973.CEL 6.78543 3.54623 2.54345 7.89767   

如何以适当的格式将其从R中的CEL文件写入记事本或excel？

Answer 1

您需要使用exprs函数从规范化探针中提取值。类似的东西：

write.csv(exprs(pre), file="output.csv", row.names=FALSE)

应该做的伎俩。

Answer 2

我不清楚问题是什么，“正确格式”是什么意思？ Excel会在巨大的表格中挣扎并且使用Bioconductor在R中进行分析可能是更好的方法，然后您可以将较小的结果或汇总表导出为ex​​cel。

尽管如此，如果您希望按列方式写入文件，可以尝试：

write.csv(t(pre),file="norm.txt")

但是excel（至少习惯）允许比列更多的行。