Question

这个问题可能会或可能不会受到我失去整个3小时地理编码运行的启发，因为其中一个值返回了错误。提示怜悯（下）投票。

基本上在sapply调用的函数中返回了一个错误。我有options(error=recover)，但尽管浏览了我可用的每个级别，但我找不到任何将（数千次成功）调用FUN的结果存储在内存中的地方。

我在浏览周围时发现的一些对象在我尝试检查时发现错误，声称引用不再有效。不幸的是，我丢失了特定的错误消息。

这是一个快速的例子，虽然它没有复制引用错误（我怀疑它与消失的环境有关并且可能并不重要），但它确实证明我看不到保存已处理数据的方法。

有这样的技术吗？

请注意，我已经意识到我的错误并插入了比通过try之前存在的更强大的错误处理，但我正在寻找一种方法来恢复内容事后而不是事前。

测试功能

sapply( seq(10), function(x) {
  if(x==5) stop("Error!")
  return( "important data" )
} )

互动探索

> sapply( seq(10), function(x) {
+   if(x==5) stop("Error!")
+   return( "important data" )
+ } )
Error in FUN(1:10[[5L]], ...) : Error!

Enter a frame number, or 0 to exit   

1: sapply(seq(10), function(x) {
    if (x == 5) 
        stop("Error!")
    return("important data")
})
2: lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
3: FUN(1:10[[5]], ...)

Selection: 3
Called from: FUN(1:10[[5L]], ...)
Browse[1]> ls()
[1] "x"
Browse[1]> x
[1] 5
Browse[1]> 
Enter a frame number, or 0 to exit   

1: sapply(seq(10), function(x) {
    if (x == 5) 
        stop("Error!")
    return("important data")
})
2: lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
3: FUN(1:10[[5]], ...)

Selection: 2
Called from: lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
Browse[1]> ls()
[1] "FUN" "X"  
Browse[1]> X
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
Browse[1]> FUN
function(x) {
  if(x==5) stop("Error!")
  return( "important data" )
}
Browse[1]> 
Enter a frame number, or 0 to exit   

1: sapply(seq(10), function(x) {
    if (x == 5) 
        stop("Error!")
    return("important data")
})
2: lapply(X = X, FUN = FUN, ...)
3: FUN(1:10[[5]], ...)

Selection: 1
Called from: sapply(seq(10), function(x) {
    if (x == 5) 
        stop("Error!")
    return("important data")
})
Browse[1]> ls()
[1] "FUN"       "simplify"  "USE.NAMES" "X"        
Browse[1]> X
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
Browse[1]> USE.NAMES
[1] TRUE
Browse[1]> simplify
[1] TRUE
Browse[1]> FUN
function(x) {
  if(x==5) stop("Error!")
  return( "important data" )
}
Browser[1]> Q

要清楚，我希望找到的是矢量：

[1] "important data" "important data" "important data" "important data"

换句话说，到目前为止已经完成的内部循环的结果。

编辑：使用C代码更新

内部.Internal(lapply())是following code：

PROTECT(ans = allocVector(VECSXP, n));
...
for(i = 0; i < n; i++) {
   ...
   tmp = eval(R_fcall, rho);
   ...
   SET_VECTOR_ELT(ans, i, tmp);
}

当ans的任何来电失败时，我想lapply。

Answer 1

我很难理解为什么try()不是这样的？如果sapply()因任何原因失败，那么

想要妥善处理这个失败
从那里继续

为什么您希望整个数据分析/处理步骤仅针对错误停止？这似乎是你提出的建议。不要试图恢复已经完成的工作，而是编写代码以便继续执行，记录错误，同时优雅地转移到流程的下一步。

这有点令人费解，因为你给出的例子是人为的（如果你知道什么会导致错误，你可以在没有try()的情况下处理），但请耐心等待：

foo <- function(x) {
    res <- try({
        if(x==5) {
            stop("Error!")
        } else {
            "important data"
        }
    })
    if(inherits(res, "try-error"))
        res <- "error occurred"
    res
}

> sapply( seq(10), foo)
Error in try({ : Error!
 [1] "important data" "important data" "important data" "important data"
 [5] "error occurred" "important data" "important data" "important data"
 [9] "important data" "important data"

在后台运行我的工作站需要几周才完成的工作后，我很快学会了围绕单个语句编写大量try()个调用而不是大块代码，这样一旦发生错误，我很快就会得到超出该迭代/步骤，对正在运行的作业影响最小;换句话说，如果一个特定的R调用失败，我会返回一些内容，这些内容会很好地插入sapply()（或任何函数）返回的对象中。

对于任何更复杂的事情，我可能会使用lapply()：

foo2 <- function(x) {
    res <- try({
        if(x==5) {
            stop("Error!")
        } else {
            lm(rnorm(10) ~ runif(10))
        }
    })
    if(inherits(res, "try-error"))
        res <- "error occurred"
    res
}

out <- lapply(seq(10), foo2)
str(out, max = 1)

因为你想要列表而不是试图将更复杂的对象简化为简单的东西：

>     out <- lapply(seq(10), foo2)
Error in try({ : Error!
> str(out, max = 1)
List of 10
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ : chr "error occurred"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"
 $ :List of 12
  ..- attr(*, "class")= chr "lm"

那就是说，我可能已经通过for()循环完成了这项工作，在迭代时填写预分配列表。

Answer 2

您从未将中间值分配给任何内容。我不明白为什么你认为应该有任何内脏。您需要以某种方式记录值：

 res <- sapply( seq(10), function(x) { z <- x
                                   on.exit(res <<- x);
                                   if(x==5) stop("Error!")
 } )
Error in FUN(1:10[[5L]], ...) : Error!
 res
#[1] 5

此on.exit方法在?par页面上说明，作为在绘图出错时恢复标准设置的方法。（我无法使用on.exit(res <- x)。

Answer 3

也许我不理解，这肯定会减慢你的速度，但每次全球任务呢？

safety <- vector()
sapply( seq(10), function(x) {
  if(x==5) stop("Error!")
  assign('safety', c(safety, x), envir = .GlobalEnv)
  return( "important data" )
} )

收率：

> safety <- vector()
> sapply( seq(10), function(x) {
+   if(x==5) stop("Error!")
+   assign('safety', c(safety, x), envir = .GlobalEnv)
+   return( "important data" )
+ } )
Error in FUN(1:10[[5L]], ...) : Error!
> safety
[1] 1 2 3 4

在大的'sapply`中从错误中解脱出来

3 个答案: