Question

我有两个文件，我正在尝试根据列1和2加入/合并。它们看起来像这样，file1（58210行）比file2（815530行短得多），我想找到这两个文件的交集基于字段1和2作为索引：

file1：

2L      25753   33158
2L      28813   33158
2L      31003   33158
2L      31077   33161
2L      31279   33161
3L      32124   45339
3L      33256   45339
...

file2：

2L      20242   0.5     0.307692307692308
2L      22141   0.32258064516129        0.692307692307692
2L      24439   0.413793103448276       0.625
2L      24710   0.371428571428571       0.631578947368421
2L      25753   0.967741935483871       0.869565217391304
2L      28813   0.181818181818182       0.692307692307692
2L      31003   0.36    0.666666666666667
2L      31077   0.611111111111111       0.931034482758621
2L      31279   0.75    1
3L      32124   0.558823529411765       0.857142857142857
3L      33256   0.769230769230769       0.90625
...

我一直在使用以下几个命令，但最终得到不同数量的行：

awk 'FNR==NR{a[$1$2]=$3;next} {if($1$2 in a) print}' file1 file2 | wc -l
awk 'FNR==NR{a[$1$2]=$3;next} {if($1$2 in a) print}' file2 file1 | wc -l

我不确定为什么会发生这种情况，我在比较之前尝试过排序，以防我在任一文件中有重复的行（基于列1和2），但它似乎没有帮助。（对此原因的任何见解也表示赞赏）

如何合并文件，以便只打印file2中1和2中相应列file1的行，3列file1添加了2L 25753 0.967741935483871 0.869565217391304 33158 2L 28813 0.181818181818182 0.692307692307692 33158 2L 31003 0.36 0.666666666666667 33158 2L 31077 0.611111111111111 0.931034482758621 33161 2L 31279 0.75 1 33161 3L 32124 0.558823529411765 0.857142857142857 45339 3L 33256 0.769230769230769 0.90625 45339的1}}，看起来像这样：

{{1}}

Answer 1

awk 'NR==FNR{a[$1,$2]=$3;next} ($1,$2) in a{print $0, a[$1,$2]}' file1 file2

查找

$ cat file1
2L      5753   33158
2L      8813   33158
2L      7885   33159
2L      1279   33159
2L      5095   33158
$
$ cat file2
2L      8813    0.6    1.2
2L      5762    0.4    0.5
2L      1279    0.5    0.9
$
$ awk 'NR==FNR{a[$1,$2]=$3;next} ($1,$2) in a{print $0, a[$1,$2]}' file1 file2
2L      8813    0.6    1.2 33158
2L      1279    0.5    0.9 33159
$

如果这不是您想要的，请澄清并发布更具代表性的样本输入/输出。

上述代码的注释版本提供了请求的解释：

awk ' # START SCRIPT

# IF the number of records read so far across all files is equal
#    to the number of records read so far in the current file, a
#    condition which can only be true for the first file read, THEN 
NR==FNR {

   # populate array "a" such that the value indexed by the first
   # 2 fields from this record in file1 is the value of the third
   # field from the first file.
   a[$1,$2]=$3

   # Move on to the next record so we don't do any processing intended
   # for records from the second file. This is like an "else" for the
   # NR==FNR condition.
   next

} # END THEN

# We only reach this part of the code if the above condition is false,
# i.e. if the current record is from file2, not from file1.

# IF the array index constructed from the first 2 fields of the current
#    record exist in array a, as would occur if these same values existed
#    in file1, THEN
($1,$2) in a {

   # print the current record from file2 followed by the value from file1
   # that occurred at field 3 of the record that had the same values for
   # field 1 and field 2 in file1 as the current record from file2.
   print $0, a[$1,$2]

} # END THEN

' file1 file2 # END SCRIPT

希望有所帮助。

Answer 2

如果您想逐行加入文件，请使用以下命令：

join -o 1.2,1.3,2.4,2.5,1.4 <(cat -n file1) <(cat -n file2)

当您更新问题时：

join -o 1.1,2.2,2.3,1.2 <(sed 's/[[:space:]]\+/@/' file1|sort) \
    <(sed 's/[[:space:]]\+/@/' file2|sort)|sed 's/@/\t/'

首先用一些非空格字符替换每行中的第一个分隔符，然后对两个输入文件进行排序。然后使用join进行实际连接。过滤掉其输出以用空格替换非空格字符。

这是文件的输出，如下所示：

xyz]$ join -o 1.1,2.2,2.3,1.2 <(sed 's/[[:space:]]\+/@/' file1|sort) \
<(sed 's/[[:space:]]\+/@/' file2|sort)|sed 's/@/\t/'

2L  25753 0.967741935483871 0.869565217391304 33158
2L  28813 0.181818181818182 0.692307692307692 33158
2L  31003 0.36 0.666666666666667 33158
2L  31077 0.611111111111111 0.931034482758621 33161
2L  31279 0.75 1 33161
3L  32124 0.558823529411765 0.857142857142857 45339
3L  33256 0.769230769230769 0.90625 45339

Answer 3

您可以使用join命令，但需要在每个数据表中创建一个连接字段。假设您在第1列中确实有2L以外的值，那么无论两个输入文件的排序或未排序属性如何，此代码都应该有效：

tmp=${TMPDIR:-/tmp}/tmp.$$
trap "rm -f $tmp.?; exit 1" 0 1 2 3 13 15

awk '{print $1 ":" $2, $0}' file1 | sort > $tmp.1
awk '{print $1 ":" $2, $0}' file2 | sort > $tmp.2

join -o 2.2,2.3,2.4,2.5,1.4 $tmp.1 $tmp.2

rm -f $tmp.?
trap 0

如果您有bash和'进程替换'，或者您知道数据已经正确排序，则可以简化处理。

我不完全确定为什么你的代码不起作用，但我可能会使用a[$1,$2]作为下标;如果你的一些第1列值是纯数字，它会给你带来更少的麻烦，因此在连接第1列和第2列时可能会混淆。这就是'key creation'awk脚本在字段之间使用冒号的原因。 / p>

修改后的数据文件如下所示：

文件1

2L      5753   33158
2L      8813   33158
2L      7885   33158
2L      7885   33159
2L      1279   33158
2L      5095   33158
2L      3256   33158
2L      5372   33158
2L      7088   33161
2L      5762   33161

file2的

2L      5095    0.666666666666667       1
2L      5372    0.5     0.925925925925926
2L      5762    0.434782608695652       0.580645161290323
2L      5904    0.571428571428571       0.869565217391304
2L      5974    0.434782608695652       0.694444444444444
2L      6353    0.785714285714286       0.84
2L      7088    0.590909090909091       0.733333333333333
2L      7885    0.714285714285714       0.864864864864865
2L      7902    0.642857142857143       0.810810810810811
2L      8263    0.833333333333333       0.787878787878788

（与问题无关。）

输出

2L 5095 0.666666666666667 1 33158
2L 5372 0.5 0.925925925925926 33158
2L 5762 0.434782608695652 0.580645161290323 33161
2L 7088 0.590909090909091 0.733333333333333 33161
2L 7885 0.714285714285714 0.864864864864865 33158
2L 7885 0.714285714285714 0.864864864864865 33159

根据共同的2列正确连接两个文件

3 个答案:

文件1

file2的

输出