如何按多列对数据框进行排序

时间:2009-08-18 21:33:18

标签: r sorting dataframe r-faq

我想按多列对data.frame进行排序。例如,对于下面的data.frame,我想按列z(降序)排序,然后按列b排序(升序):

dd <- data.frame(b = factor(c("Hi", "Med", "Hi", "Low"), 
      levels = c("Low", "Med", "Hi"), ordered = TRUE),
      x = c("A", "D", "A", "C"), y = c(8, 3, 9, 9),
      z = c(1, 1, 1, 2))
dd
    b x y z
1  Hi A 8 1
2 Med D 3 1
3  Hi A 9 1
4 Low C 9 2

19 个答案:

答案 0 :(得分:1528)

您可以直接使用order()功能而无需使用附加工具 - 请参阅example(order)代码顶部使用技巧的更简单的答案:

R> dd[with(dd, order(-z, b)), ]
    b x y z
4 Low C 9 2
2 Med D 3 1
1  Hi A 8 1
3  Hi A 9 1

在2年多后编辑:只是通过列索引询问如何执行此操作。答案是简单地将所需的排序列传递给order()函数:

R> dd[order(-dd[,4], dd[,1]), ]
    b x y z
4 Low C 9 2
2 Med D 3 1
1  Hi A 8 1
3  Hi A 9 1
R> 

而不是使用列的名称(而with()更容易/更直接访问)。

答案 1 :(得分:427)

您的选择

    来自order
  • base 来自arrange
  • dplyr 来自setorder
  • setordervdata.table 来自arrange
  • plyr 来自sort
  • taRifx 来自orderBy
  • doBy 来自sortData
  • Deducer

大多数情况下,您应该使用dplyrdata.table解决方案,除非没有依赖关系很重要,在这种情况下使用base::order


我最近将sort.data.frame添加到CRAN包中,使其与类兼容,如下所述: Best way to create generic/method consistency for sort.data.frame?

因此,给定data.frame dd,您可以按如下方式排序:

dd <- data.frame(b = factor(c("Hi", "Med", "Hi", "Low"), 
      levels = c("Low", "Med", "Hi"), ordered = TRUE),
      x = c("A", "D", "A", "C"), y = c(8, 3, 9, 9),
      z = c(1, 1, 1, 2))
library(taRifx)
sort(dd, f= ~ -z + b )

如果您是此功能的原作者之一,请与我联系。关于公共领域的讨论在这里:http://chat.stackoverflow.com/transcript/message/1094290#1094290


您也可以使用arrange()中的plyr函数,正如Hadley在上面的帖子中指出的那样:

library(plyr)
arrange(dd,desc(z),b)

基准测试:请注意,由于存在大量冲突,我在新的R会话中加载了每个包。特别是加载doBy包导致sort返回“以下对象被掩盖在'x(位置17)':b,x,y,z”,并且加载Deducer包覆盖{{1来自Kevin Wright或taRifx包。

sort.data.frame

平均时间:

#Load each time dd <- data.frame(b = factor(c("Hi", "Med", "Hi", "Low"), levels = c("Low", "Med", "Hi"), ordered = TRUE), x = c("A", "D", "A", "C"), y = c(8, 3, 9, 9), z = c(1, 1, 1, 2)) library(microbenchmark) # Reload R between benchmarks microbenchmark(dd[with(dd, order(-z, b)), ] , dd[order(-dd$z, dd$b),], times=1000 ) 778

dd[with(dd, order(-z, b)), ] 788

dd[order(-dd$z, dd$b),]

平均时间: 1,567

library(taRifx)
microbenchmark(sort(dd, f= ~-z+b ),times=1000)

平均时间: 862

library(plyr)
microbenchmark(arrange(dd,desc(z),b),times=1000)

平均时间: 1,694

请注意,doBy需要花费大量时间来加载包。

library(doBy)
microbenchmark(orderBy(~-z+b, data=dd),times=1000)

无法加载Deducer。需要JGR控制台。

library(Deducer)
microbenchmark(sortData(dd,c("z","b"),increasing= c(FALSE,TRUE)),times=1000)

由于连接/分离,似乎与microbenchmark不兼容。


esort <- function(x, sortvar, ...) {
attach(x)
x <- x[with(x,order(sortvar,...)),]
return(x)
detach(x)
}

microbenchmark(esort(dd, -z, b),times=1000)

microbenchmark plot

(线从下四分位数延伸到上四分位数,点是中位数)


考虑到这些结果并称重简单性与速度,我必须在m <- microbenchmark( arrange(dd,desc(z),b), sort(dd, f= ~-z+b ), dd[with(dd, order(-z, b)), ] , dd[order(-dd$z, dd$b),], times=1000 ) uq <- function(x) { fivenum(x)[4]} lq <- function(x) { fivenum(x)[2]} y_min <- 0 # min(by(m$time,m$expr,lq)) y_max <- max(by(m$time,m$expr,uq)) * 1.05 p <- ggplot(m,aes(x=expr,y=time)) + coord_cartesian(ylim = c( y_min , y_max )) p + stat_summary(fun.y=median,fun.ymin = lq, fun.ymax = uq, aes(fill=expr)) 包中点头 arrange。它具有简单的语法,但几乎与基本的R命令一样快速,并且具有复杂的阴谋。通常辉煌的哈德利威克姆工作。我唯一的抱怨是它打破了plyr调用排序对象的标准R命名法,但我理解为什么Hadley会因为上面链接的问题中讨论的问题而这样做。

答案 2 :(得分:137)

德克的回答很棒。它还强调了用于索引data.framedata.table s的语法的主要区别:

## The data.frame way
dd[with(dd, order(-z, b)), ]

## The data.table way: (7 fewer characters, but that's not the important bit)
dd[order(-z, b)]

两次通话之间的差异很小,但可能会产生重要影响。特别是如果您编写生产代码和/或关注研究中的正确性,最好避免不必要的重复变量名称。 data.table  帮助你做到这一点。

以下是重复变量名称可能会让您遇到麻烦的一个示例:

让我们从Dirk的答案中改变背景,并说这是一个更大的项目的一部分,其中有很多对象名称,它们很长很有意义;而不是dd,它被称为quarterlyreport。它变成了:

quarterlyreport[with(quarterlyreport,order(-z,b)),]

好的,好的。没有错。接下来,您的老板要求您在报告中包含上一季度的报告。你仔细检查代码,在各个地方添加一个对象lastquarterlyreport,然后以某种方式(地球上怎么样?)最终得到这个:

quarterlyreport[with(lastquarterlyreport,order(-z,b)),]

这不是你的意思,但你没有发现它,因为你做得很快,而且它坐落在类似代码的页面上。代码不会失败(没有警告也没有错误),因为R认为这就是你的意思。你希望看到你的报告的人发现它,但也许他们没有。如果您经常使用编程语言,那么这种情况可能都是熟悉的。你会说这是一个“错字”。我会解决你对老板说的“错字”。

data.table我们关注像这样的小细节。所以我们做了一些简单的事情,以避免两次输入变量名。非常简单。 i已在dd的框架内自动进行评估。您根本不需要with()

而不是

dd[with(dd, order(-z, b)), ]

只是

dd[order(-z, b)]

而不是

quarterlyreport[with(lastquarterlyreport,order(-z,b)),]

只是

quarterlyreport[order(-z,b)]

这是一个非常小的差异,但有一天它可能会挽救你的脖子。权衡此问题的不同答案时,请考虑将变量名称的重复计算为您决定的标准之一。有些答案有不少重复,有些则没有。

答案 3 :(得分:113)

这里有很多优秀的答案,但dplyr提供了我能够快速轻松记住的唯一语法(现在经常使用):

library(dplyr)
# sort mtcars by mpg, ascending... use desc(mpg) for descending
arrange(mtcars, mpg)
# sort mtcars first by mpg, then by cyl, then by wt)
arrange(mtcars , mpg, cyl, wt)

对于OP的问题:

arrange(dd, desc(z),  b)

    b x y z
1 Low C 9 2
2 Med D 3 1
3  Hi A 8 1
4  Hi A 9 1

答案 4 :(得分:75)

R包data.table以简单的语法提供 fast 内存效率 data.tables 的排序(一部分)其中马特非常好地突出了in his answer)。从那时起,已经有了很多改进,还有一个新功能setorder()。从v1.9.5+开始,setorder()也适用于 data.frames

首先,我们创建一个足够大的数据集,并对其他答案中提到的不同方法进行基准测试,然后列出 data.table 的功能。

数据:

require(plyr)
require(doBy)
require(data.table)
require(dplyr)
require(taRifx)

set.seed(45L)
dat = data.frame(b = as.factor(sample(c("Hi", "Med", "Low"), 1e8, TRUE)),
                 x = sample(c("A", "D", "C"), 1e8, TRUE),
                 y = sample(100, 1e8, TRUE),
                 z = sample(5, 1e8, TRUE), 
                 stringsAsFactors = FALSE)

基准:

报告的时间来自下面显示的这些功能的system.time(...)。时间列表如下(按从最慢到最快的顺序)。

orderBy( ~ -z + b, data = dat)     ## doBy
plyr::arrange(dat, desc(z), b)     ## plyr
arrange(dat, desc(z), b)           ## dplyr
sort(dat, f = ~ -z + b)            ## taRifx
dat[with(dat, order(-z, b)), ]     ## base R

# convert to data.table, by reference
setDT(dat)

dat[order(-z, b)]                  ## data.table, base R like syntax
setorder(dat, -z, b)               ## data.table, using setorder()
                                   ## setorder() now also works with data.frames 

# R-session memory usage (BEFORE) = ~2GB (size of 'dat')
# ------------------------------------------------------------
# Package      function    Time (s)  Peak memory   Memory used
# ------------------------------------------------------------
# doBy          orderBy      409.7        6.7 GB        4.7 GB
# taRifx           sort      400.8        6.7 GB        4.7 GB
# plyr          arrange      318.8        5.6 GB        3.6 GB 
# base R          order      299.0        5.6 GB        3.6 GB
# dplyr         arrange       62.7        4.2 GB        2.2 GB
# ------------------------------------------------------------
# data.table      order        6.2        4.2 GB        2.2 GB
# data.table   setorder        4.5        2.4 GB        0.4 GB
# ------------------------------------------------------------
  • data.table&#39; DT[order(...)]语法 ~10x 比其他方法(dplyr)中的最快速度快,同时消耗了与dplyr相同的内存量。

  • data.table&#39; setorder() 〜14x 比其他方法中最快(dplyr)快,同时仅0.4GB额外内存dat现在按我们要求的顺序排列(因为它通过引用更新)。

data.table功能:

<强>速度

  • data.table 的排序非常快,因为它实现了radix ordering

  • 语法DT[order(...)]在内部进行了优化,以便使用 data.table 的快速排序。您可以继续使用熟悉的基本R语法,但可以加快进程(并使用更少的内存)。

<强>内存

  • 大多数情况下,我们在重新排序后不需要原始的 data.frame data.table 。也就是说,我们通常将结果分配回同一个对象,例如:

    DF <- DF[order(...)]
    

    问题是这需要至少两倍(2x)原始对象的内存。为了内存效率 data.table 因此也提供了一个函数setorder()

    setorder()重新排序 data.tables by reference就地),无需另外制作副本。它只使用等于一列大小的额外内存。

其他功能:

  1. 它支持integerlogicalnumericcharacter甚至bit64::integer64类型。

      

    请注意factorDatePOSIXct等..类下面的所有integer / numeric类型都包含其他属性,因此也受支持。

  2. 在基数R中,我们不能在字符向量上使用-按降序排列该列。相反,我们必须使用-xtfrm(.)

    但是,在 data.table 中,我们可以这样做,例如,dat[order(-x)]setorder(dat, -x)

答案 5 :(得分:64)

在R维基的提示部分发布了this (very helpful) function by Kevin Wright,这很容易实现。

sort(dd,by = ~ -z + b)
#     b x y z
# 4 Low C 9 2
# 2 Med D 3 1
# 1  Hi A 8 1
# 3  Hi A 9 1

答案 6 :(得分:35)

或者您可以使用包doBy

library(doBy)
dd <- orderBy(~-z+b, data=dd)

答案 7 :(得分:33)

假设您有一个data.frame A,并且您希望使用名为x降序列的列对其进行排序。调用已排序的data.frame newdata

newdata <- A[order(-A$x),]

如果您想升序,则无需替换"-"。你可以有像

这样的东西
newdata <- A[order(-A$x, A$y, -A$z),]

其中xzdata.frame A中的某些列。这意味着按data.frame降序,A升序和x降序排序y z

答案 8 :(得分:26)

或者,使用Deducer包

library(Deducer)
dd<- sortData(dd,c("z","b"),increasing= c(FALSE,TRUE))

答案 9 :(得分:26)

如果SQL对您来说很自然,那么sqldf会按照Codd的意图处理ORDER BY。

答案 10 :(得分:15)

我通过以下示例了解了order,这让我困惑了很长时间:

set.seed(1234)

ID        = 1:10
Age       = round(rnorm(10, 50, 1))
diag      = c("Depression", "Bipolar")
Diagnosis = sample(diag, 10, replace=TRUE)

data = data.frame(ID, Age, Diagnosis)

databyAge = data[order(Age),]
databyAge

此示例有效的唯一原因是ordervector Age排序,而不是Age中名为data frame data的列。

要使用read.table创建一个相同的数据框,列名略有不同,并且不使用上述任何向量:

my.data <- read.table(text = '

  id age  diagnosis
   1  49 Depression
   2  50 Depression
   3  51 Depression
   4  48 Depression
   5  50 Depression
   6  51    Bipolar
   7  49    Bipolar
   8  49    Bipolar
   9  49    Bipolar
  10  49 Depression

', header = TRUE)

order的上述行结构不再有效,因为没有名为age的向量:

databyage = my.data[order(age),]

以下行有效,因为orderage中的my.data列进行了排序。

databyage = my.data[order(my.data$age),]

我认为这是值得发布的,因为这个例子对我这么长时间的困惑。如果该帖子不适合该帖子,我可以将其删除。

编辑:2014年5月13日

下面是按列排序数据框而不指定列名的通用方法。下面的代码显示了如何从左到右或从右到左排序。如果每列都是数字,则此方法有效。我没有尝试添加字符列。

我在一个或两个月之前在另一个网站的旧帖子中找到了do.call代码,但只是经过了大量而艰难的搜索。我不确定我现在可以重新安排那篇文章。目前的主题是在data.frame中排序R的第一个热门话题。所以,我认为原始do.call代码的扩展版本可能很有用。

set.seed(1234)

v1  <- c(0,0,0,0, 0,0,0,0, 1,1,1,1, 1,1,1,1)
v2  <- c(0,0,0,0, 1,1,1,1, 0,0,0,0, 1,1,1,1)
v3  <- c(0,0,1,1, 0,0,1,1, 0,0,1,1, 0,0,1,1)
v4  <- c(0,1,0,1, 0,1,0,1, 0,1,0,1, 0,1,0,1)

df.1 <- data.frame(v1, v2, v3, v4) 
df.1

rdf.1 <- df.1[sample(nrow(df.1), nrow(df.1), replace = FALSE),]
rdf.1

order.rdf.1 <- rdf.1[do.call(order, as.list(rdf.1)),]
order.rdf.1

order.rdf.2 <- rdf.1[do.call(order, rev(as.list(rdf.1))),]
order.rdf.2

rdf.3 <- data.frame(rdf.1$v2, rdf.1$v4, rdf.1$v3, rdf.1$v1) 
rdf.3

order.rdf.3 <- rdf.1[do.call(order, as.list(rdf.3)),]
order.rdf.3

答案 11 :(得分:14)

Dirk的答案很好,但是如果你需要排序来坚持下去,你会想要将排序应用到该数据框的名称上。使用示例代码:

dd <- dd[with(dd, order(-z, b)), ] 

答案 12 :(得分:14)

回应OP中添加的关于如何以编程方式排序的注释:

使用dplyrdata.table

library(dplyr)
library(data.table)

dplyr

只需使用arrange_,这是arrange的标准评估版。

df1 <- tbl_df(iris)
#using strings or formula
arrange_(df1, c('Petal.Length', 'Petal.Width'))
arrange_(df1, ~Petal.Length, ~Petal.Width)
    Source: local data frame [150 x 5]

   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
          (dbl)       (dbl)        (dbl)       (dbl)  (fctr)
1           4.6         3.6          1.0         0.2  setosa
2           4.3         3.0          1.1         0.1  setosa
3           5.8         4.0          1.2         0.2  setosa
4           5.0         3.2          1.2         0.2  setosa
5           4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
6           5.4         3.9          1.3         0.4  setosa
7           5.5         3.5          1.3         0.2  setosa
8           4.4         3.0          1.3         0.2  setosa
9           5.0         3.5          1.3         0.3  setosa
10          4.5         2.3          1.3         0.3  setosa
..          ...         ...          ...         ...     ...


#Or using a variable
sortBy <- c('Petal.Length', 'Petal.Width')
arrange_(df1, .dots = sortBy)
    Source: local data frame [150 x 5]

   Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
          (dbl)       (dbl)        (dbl)       (dbl)  (fctr)
1           4.6         3.6          1.0         0.2  setosa
2           4.3         3.0          1.1         0.1  setosa
3           5.8         4.0          1.2         0.2  setosa
4           5.0         3.2          1.2         0.2  setosa
5           4.7         3.2          1.3         0.2  setosa
6           5.5         3.5          1.3         0.2  setosa
7           4.4         3.0          1.3         0.2  setosa
8           4.4         3.2          1.3         0.2  setosa
9           5.0         3.5          1.3         0.3  setosa
10          4.5         2.3          1.3         0.3  setosa
..          ...         ...          ...         ...     ...

#Doing the same operation except sorting Petal.Length in descending order
sortByDesc <- c('desc(Petal.Length)', 'Petal.Width')
arrange_(df1, .dots = sortByDesc)

此处有更多信息:https://cran.r-project.org/web/packages/dplyr/vignettes/nse.html

最好使用公式,因为它还捕获环境以评估

中的表达式

data.table

dt1 <- data.table(iris) #not really required, as you can work directly on your data.frame
sortBy <- c('Petal.Length', 'Petal.Width')
sortType <- c(-1, 1)
setorderv(dt1, sortBy, sortType)
dt1
     Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width   Species
  1:          7.7         2.6          6.9         2.3 virginica
  2:          7.7         2.8          6.7         2.0 virginica
  3:          7.7         3.8          6.7         2.2 virginica
  4:          7.6         3.0          6.6         2.1 virginica
  5:          7.9         3.8          6.4         2.0 virginica
 ---                                                            
146:          5.4         3.9          1.3         0.4    setosa
147:          5.8         4.0          1.2         0.2    setosa
148:          5.0         3.2          1.2         0.2    setosa
149:          4.3         3.0          1.1         0.1    setosa
150:          4.6         3.6          1.0         0.2    setosa

答案 13 :(得分:8)

我最喜欢dplyer中的describe()。使用管道运算符,从最不重要的方面转到最重要的方面

dd1 <- dd %>%
    arrange(z) %>%
    arrange(desc(x))

答案 14 :(得分:5)

为了完整起见:您还可以使用sortByCol()包中的BBmisc功能:

library(BBmisc)
sortByCol(dd, c("z", "b"), asc = c(FALSE, TRUE))
    b x y z
4 Low C 9 2
2 Med D 3 1
1  Hi A 8 1
3  Hi A 9 1

效果比较:

library(microbenchmark)
microbenchmark(sortByCol(dd, c("z", "b"), asc = c(FALSE, TRUE)), times = 100000)
median 202.878

library(plyr)
microbenchmark(arrange(dd,desc(z),b),times=100000)
median 148.758

microbenchmark(dd[with(dd, order(-z, b)), ], times = 100000)
median 115.872

答案 15 :(得分:4)

就像很久以前的机械卡分拣机一样,首先按最不重要的键排序,然后是下一个最重要的键,等等。不需要库,可以使用任意数量的键以及上升键和下降键的任意组合。

 dd <- dd[order(dd$b, decreasing = FALSE),]

现在我们已准备好做最重要的关键。排序是稳定的,并且最重要的密钥中的任何联系都已经解决。

dd <- dd[order(dd$z, decreasing = TRUE),]

这可能不是最快的,但它确实简单可靠

答案 16 :(得分:3)

另一种选择,使用rgr包:

> library(rgr)
> gx.sort.df(dd, ~ -z+b)
    b x y z
4 Low C 9 2
2 Med D 3 1
1  Hi A 8 1
3  Hi A 9 1

答案 17 :(得分:2)

当我想自动化n列的排序过程时,我在上述解决方案上苦苦挣扎,因为n列的列名每次都可能不同。我从psych包中发现了一个超级有用的功能,可以以一种简单的方式做到这一点:

dfOrder(myDf, columnIndices)

其中columnIndices是一列或多列的索引,按您要对其排序的顺序。这里有更多信息:

dfOrder function from 'psych' package

答案 18 :(得分:2)

仅出于完整性考虑,由于关于列号排序的讨论很少,因此可以肯定地说这通常是不理想的(因为列的顺序可能会改变,从而为错误铺平了道路。 ),但是在某些特定情况下(例如,您需要快速完成工作,并且没有更改列的风险),这也许是最明智的选择,尤其是在处理大量列时。

在这种情况下,do.call()来了:

ind <- do.call(what = "order", args = iris[,c(5,1,2,3)])
iris[ind, ]

##        Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width    Species
##    14           4.3         3.0          1.1         0.1     setosa
##    9            4.4         2.9          1.4         0.2     setosa
##    39           4.4         3.0          1.3         0.2     setosa
##    43           4.4         3.2          1.3         0.2     setosa
##    42           4.5         2.3          1.3         0.3     setosa
##    4            4.6         3.1          1.5         0.2     setosa
##    48           4.6         3.2          1.4         0.2     setosa
##    7            4.6         3.4          1.4         0.3     setosa
##    (...)