Question

使用自行实现的burrows-wheeler算法转换文件时，我的程序在读取文件大小超过59 kB的文件时会遇到问题。基本上我在终端开始我的程序：

./BW encode 4 < test

其中4代表4 * 1024字节。如前所述，在处理文件大小不超过59 kB的文件（原始数据，文本文件等）时，不会出现任何问题。

处理数据并发送到stdout的代码：

void encodeBlock(unsigned char* str,long length){
    unsigned int i, out_rownum;
    unsigned char **str_matr, *out_str, *prnt_rt_str2, *prnt_rt_str1;
    str_matr = (unsigned char**) calloc(length,sizeof(unsigned char*));
    out_str = (unsigned char*) calloc(length+1,sizeof(unsigned char));
    // make matrix with rotationstrings of str (by saving pointer to first character)
    for(i=0;i<(unsigned int) length;i++){
        str_matr[i] = &str[i];
    }
    // sorting matrix
    glob_strt = &str[0];
    glob_length = length;
    qsort(str_matr,length,sizeof(unsigned char*),strCmpEnc);
    out_str[length] = '\0';
    for(i=0;i<(unsigned int) length;i++){
        prnt_rt_str1 = printRotStr(length,&str[0],str_matr[i]);
        prnt_rt_str2 = printRotStr(length,&prnt_rt_str1[0],&prnt_rt_str1[length-1]);
        if(memcmp(str,prnt_rt_str2,length) == 0){
            out_rownum = i;
        }
        out_str[i] = prnt_rt_str1[length-1];
    }    
    printf("(%d ",out_rownum);
    fwrite((unsigned char*) out_str, 1, length, stdout);
    printf(")\n");
    free(prnt_rt_str1);
    free(prnt_rt_str2);
    free(str_matr);
    free(out_str);
}

和从stdin接收数据的代码

void encode(unsigned short int num, unsigned int block_size){
    long b_length,length;
    unsigned char* buffer;  
    freopen(NULL, "rb", stdin);
    buffer = (unsigned char*) calloc(block_size+1,sizeof(unsigned char));
    length = fread((unsigned char*) buffer, 1, block_size, stdin);
    if(length == 0){
        // file empty
    }else{
        b_length = length;
        printf("##B-W:%ld##\n",length);
        while(length == b_length){
            buffer[block_size] = '\0';
            encodeBlock(buffer,length);
            length = fread((unsigned char*) buffer, 1, block_size, stdin);      
        }
        if(length != 0){
            printf("##B-W:%ld##\n",length); 
            buffer[length] = '\0';
            encodeBlock(buffer,length);
        }
    }
    free(buffer);
}

当它卡住时，它通常会终止并且屏幕上会显示“已杀死”。我正在研究linux OS。

使用valgrind的结果：程序卡住了，我的整个系统都挂起了。我无法看到任何调试结果，因为我必须手动关闭我的系统。

更新：阻塞读取（59kB之后）的原因是由于许多内存泄漏，堆上没有剩余空间。我解决了这个问题，最后阅读工作正常。

Answer 1

当它卡住时，它通常会终止并且屏幕上会显示“已杀死”。

这意味着，很可能，它耗尽了内存限制并被内核杀死。

老老实实地使用valgrind。您的代码太难以阅读，因为人类无法指出致命的错误（非致命的，但仍然很烦人）。

从stdin块读取大约。 60 kB

1 个答案: