Question

genoset R包具有通过将几个矩阵和指定坐标的RangedData对象放在一起来构建GenoSet的功能。

我有以下对象 - 三个矩阵，都具有相同的名称，以及以下格式的RangedData对象（称为locData）。

               space                 ranges |
            <factor>              <IRanges> |
 cg00000957        1 [  5937253,   5937253] |
 cg00001349        1 [166958439, 166958439] |
 cg00001583        1 [200011786, 200011786] |
 cg00002028        1 [ 20960010,  20960010] |
 cg00002719        1 [169396706, 169396706] |
 cg00002837        1 [ 44513358,  44513358] |

但是，当我尝试创建GenoSet时，我收到以下错误。

 DMRSet=GenoSet(locData,Exprs,meth,unmeth,universe=NULL)

.Call2中的错误（“IRanges_from_integer”，来自，PACKAGE =“IRanges”）：无法从缺少值的整数向量创建IRanges对象。

我做错了什么？我放在一起的所有对象都有相同的rownames，除了IRanges对象本身，我认为它没有rownames，因为它不是一个矩阵。此外，locData的“列”具有非整数字符。

谢谢！

Answer 1

听起来"locData"可能不是RangedData。它也可以是GRanges。无论哪种方式，您都需要为所有参数命名。

一旦您遇到eSet麻烦，基础locData课程就会对此感到不安。

DMRSet=GenoSet(locData=locData,exprs=Exprs,meth=meth,unmeth=unmeth,universe=NULL)

皮特

使用R中的genoset包构造对象

1 个答案: