Question

我使用的是Python 2.7.3 btw

大家好，

我有点问题。问题是我在下面的星号线上遇到了麻烦。（对不起，有点新的Python）

所以这是我目前的代码：

with open('parsedChr','w') as fout, open('heartLungClassU.gtf','r') as filein:

    average = 0
    difference = 0
    position = ''
    bp = 0

    for line in filein:
      **chrom,cuff,exon,start,end,dot,sign,dots,gene,tranid,exonid,rest = line.split('\t',11)**
      ## notice 12 variables here so I tried to unpack with value 11

    ##more code after

我一直收到这个错误：

Traceback (most recent call last):
  File "parse.py", line 11, in <module>
    chrom,cuff,exon,start,end,dot,sign,dots,gene,tranid,exonid,rest = line.split('\t',11)
ValueError: need more than 9 values to unpack

我不明白为什么 - 请注意，有12个变量我将这条线分成了。为什么python会抱怨需要超过9个值才能解压缩？我之前有代码，我必须分成6个变量，因此在line.split中使用了5个（5个切成6个，正如我所理解的那样），但我不明白为什么类似的逻辑在这里不起作用。

编辑：这是文件的一部分：

chr1    Cufflinks   exon    14765607    14765689    .   +   .   gene_id "XLOC_000018";  transcript_id   "TCONS_00001260";   exon_number "1";    oId "CUFF.68.1";    class_code  "u";    tss_id  "TSS40";
chr1    Cufflinks   exon    14766604    14767199    .   +   .   gene_id "XLOC_000018";  transcript_id   "TCONS_00001260";   exon_number "2";    oId "CUFF.68.1";    class_code  "u";    tss_id  "TSS40";
chr1    Cufflinks   exon    21156530    21156632    .   +   .   gene_id "XLOC_000028";  transcript_id   "TCONS_00002433";   exon_number "1";    oId "CUFF.88.1";    class_code  "u";    tss_id  "TSS69";

编辑：嗯。弄清楚了。感谢大家的帮助。

Answer 1

要查看错误的确切行号，请执行以下操作：

for i, line in enumerate(filein):
    try:
        chrom,cuff,exon,start,end,dot,sign,dots,gene,tranid,exonid,rest = line.split('\t',11)
    except ValueError:
        print "ValueError on line", i+1
        print "line", repr(line)
        raise

在评论中，您为文本文件提供了link。我找不到任何少于11个标签的行：

>>> for i, line in enumerate(urllib.urlopen('http://dl.dropbox.com/u/108419362/file.gtf')):
...     if line.count('\t') < 11:
...         print i+1, repr(line)
...         break
...
>>>

仔细检查您是否真正打开了您认为正在打开的文件。

Answer 2

这意味着您的行不包含足够的（在本例中至少为9个）制表符字符，以便split()调用将使用拆分值填充所有变量。

以下代码将产生相同的错误：

s = 'a b'
x, y, z = s.split(' ') # the result is ('a', 'b') but we have 3 variables
                       # on the left side of the expression.

Answer 3

这意味着该行只分为9个值：

示例：

>>> a,b,c='foo bar'.split()
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ValueError: need more than 2 values to unpack

您可以添加if条件来处理此问题：

if len(line.split('\t'))>=11:

Python：行拆分值错误？

3 个答案: