对于科学项目，我有一个模板化分析工具（模块A），它使用一种统计测试（模块B）。分析工具（模块A）用于两类问题（模块C和D）。模块C和D定义了从不同文件类型序列化的功能。
所有模块（A，B，C和D）都使用通用实用程序（模块E）。每个模块由几个文件组成。我真的很想组织模块，以便每个模块都有自己的命名空间，因此源文件位于不同的目录中（即强调组织中的模块化）。
在每个文件中定义命名空间是微不足道的。但我希望使用某种源代码树，其中每个模块的#include文件将包含其自己命名空间内的所有其他文件。
我不太确定组织这个的好方法。我应该只为每个模块使用一个文件夹而使用相对路径使用#include吗？每个模块是否都有自己的git存储库，并编译为单个库文件，该文件位于指定的UNIX文件夹中（这需要真正安装项目才能运行）。
现在我正在使用gcc-4.7，make和emacs。
您是否了解如何组织这些文件以实现模块化？
请原谅我并建议是否有其他StackOverflow会员更适合这个问题。我的项目运行了，但它比实际需要的更糟糕了！
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但我希望使用某种源代码树，其中每个模块的#include文件将包含其自己命名空间内的所有其他文件。
这是错误的做法。即使A在模块级别依赖于E，也不一定意味着A中的所有组件都依赖于E中的所有组件，并且您不应该强制通过包含。
包含应该是明确的（包括你真正需要的一切）和精确的（不包括你不依赖的任何东西）。
话虽这么说，我会在模块中组织代码，其中每个模块都有一个单独的目录。如果模块变得足够复杂以至于需要在子模块中进行拆分，那么您可以添加嵌套目录，但是单个两级层次结构就足够了。