SQLite似乎是WinRT应用程序最常见的选项。正如您所看到的，here他们使WinRT支持3.7.13版本的关键功能。我对SQLite不太熟悉，但我认为它也可以（很容易？）在C＃中使用。
似乎有些人成功为ARM处理器构建SQLite，请参阅here。
鉴于Windows应用商店应用中不允许使用ADO.NET和ODBC，即使SQL Server Express可以在ARM上运行，您也无法连接到它。可以安全地假设SQL Server Express和SQL Server Compact不会很快用于Windows应用商店应用程序，如果有的话。