I have the matrix in the following format :
ID_REF GSM362180 GSM362181 GSM362188 GSM362189 GSM362192
244901_at 5.094871713 4.626623079 4.554272515 4.748604391 4.759221647
244902_at 5.194528083 4.985930299 4.817426064 5.151654407 4.838741605
244903_at 5.412329253 5.352970877 5.06250609 5.305709079 8.365082403
244904_at 5.529220594 5.28134657 5.467445095 5.62968933 5.458388909
244905_at 5.024052699 4.714631878 4.792865831 4.843975286 4.657188246
244906_at 5.786557533 5.242403911 5.060605782 5.458148567 5.890061836
在上述矩阵中，第一列是基因列表（22810），相应的列对应于不同的启动子（总共4种不同的类型）。在这种情况下如何才能找到差异表达的基因？
我想使用t检验来识别DEG。我知道在两种情况下（例如控制和处理）使用R中的多次包装来找到DEG。但是不知道如何处理四种不同类型的启动子并识别DEG。
答案 0 :(得分：2)
将limma包用于各种微阵列差异表达。它的 Bioconductor landing page提供了一个很好的小插图（以及安装说明）。如果使用limma，请跟进 Bioconductor mailing list上的问题（但请阅读小插图，如有必要，请先咨询具有一定统计知识的人。